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J-GLOBAL ID：202002236141216395   整理番号：20A2286942

ブタ急性下痢症候群コロナウイルス感染中のIPEC-J2細胞のRNA-Seqに基づく全トランスクリプトーム解析【JST・京大機械翻訳】

RNA-Seq-Based Whole Transcriptome Analysis of IPEC-J2 Cells During Swine Acute Diarrhea Syndrome Coronavirus Infection

著者 (23件)： Zhang Fanfan (Key Laboratory for Animal Health of Jiangxi Province, Jiangxi Agricultural University, Nanchang, China) ,  Zhang Fanfan (Department of Preventive Veterinary Medicine, College of Animal Science and Technology, Jiangxi Agricultural University, Nanchang, China) ,  Zhang Fanfan (Institute of Animal Husbandry and Veterinary Medicine, Jiangxi Academy of Agricultural Sciences, Nanchang, China) ,  Yuan Weifeng (Key Laboratory for Animal Health of Jiangxi Province, Jiangxi Agricultural University, Nanchang, China) ,  Yuan Weifeng (Department of Preventive Veterinary Medicine, College of Animal Science and Technology, Jiangxi Agricultural University, Nanchang, China) ,  Li Zhiquan (Key Laboratory for Animal Health of Jiangxi Province, Jiangxi Agricultural University, Nanchang, China) ,  Li Zhiquan (Department of Preventive Veterinary Medicine, College of Animal Science and Technology, Jiangxi Agricultural University, Nanchang, China) ,  Zhang Yuhan (Key Laboratory for Animal Health of Jiangxi Province, Jiangxi Agricultural University, Nanchang, China) ,  Zhang Yuhan (Department of Preventive Veterinary Medicine, College of Animal Science and Technology, Jiangxi Agricultural University, Nanchang, China) ,  Ye Yu (Key Laboratory for Animal Health of Jiangxi Province, Jiangxi Agricultural University, Nanchang, China) ,  Ye Yu (Department of Preventive Veterinary Medicine, College of Animal Science and Technology, Jiangxi Agricultural University, Nanchang, China) ,  Li Kai (Key Laboratory for Animal Health of Jiangxi Province, Jiangxi Agricultural University, Nanchang, China) ,  Li Kai (Department of Preventive Veterinary Medicine, College of Animal Science and Technology, Jiangxi Agricultural University, Nanchang, China) ,  Ding Zhen (Key Laboratory for Animal Health of Jiangxi Province, Jiangxi Agricultural University, Nanchang, China) ,  Ding Zhen (Department of Preventive Veterinary Medicine, College of Animal Science and Technology, Jiangxi Agricultural University, Nanchang, China) ,  Chen Yunyan (College of Animal Science and Technology, Jiangxi Agricultural University, Nanchang, China) ,  Cheng Ting (College of Animal Science and Technology, Jiangxi Agricultural University, Nanchang, China) ,  Wu Qiong (Key Laboratory for Animal Health of Jiangxi Province, Jiangxi Agricultural University, Nanchang, China) ,  Wu Qiong (Department of Preventive Veterinary Medicine, College of Animal Science and Technology, Jiangxi Agricultural University, Nanchang, China) ,  Tang Yuxin (Key Laboratory for Animal Health of Jiangxi Province, Jiangxi Agricultural University, Nanchang, China) ,  Tang Yuxin (Department of Preventive Veterinary Medicine, College of Animal Science and Technology, Jiangxi Agricultural University, Nanchang, China) ,  Song Deping (Key Laboratory for Animal Health of Jiangxi Province, Jiangxi Agricultural University, Nanchang, China) ,  Song Deping (Department of Preventive Veterinary Medicine, College of Animal Science and Technology, Jiangxi Agricultural University, Nanchang, China)
資料名： Frontiers in Veterinary Science (Web)  (Frontiers in Veterinary Science (Web))
巻： 7  ページ： 492  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7103A  ISSN： 2297-1769  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ブタ急性下痢症候群コロナウイルス(SADS-CoV)の新しい出現は,中国の s乳ブタにおいて高い死亡率をもたらした。今日まで,SADS-CoV感染中の宿主細胞の転写発現は報告されていない。本研究では,RNA-Seq技術を用いて,SADS-CoV株SADS-CoV-CH-FJWT-2018に感染した腸ブタ上皮細胞(IPEC-J2)の全ゲノム発現プロファイルを調べた。合計24676の遺伝子を同定した:23,677は既知遺伝子であり,999は新規遺伝子であった。感染後6,24,および48時間後のSADS-CoV感染と非感染細胞の間で,合計1897の差次的発現遺伝子(DEG)を同定した。これらのうち,1,260遺伝子はアップレギュレートされ,637はダウンレギュレートされた。遺伝子オントロジー濃縮分析は,6,24および48hpiの試料中のDEGが,それぞれ79,383および233GO項で濃縮され,主に免疫系過程,刺激に対する応答,シグナル伝達およびサイトカイン-サイトカイン受容体相互作用に関与することを明らかにした。1897のDEGを4つの主なカテゴリーに分類した109KEGGオントロジー(KO)経路にマッピングした。KEGG経路で注釈されたDEGの大部分は,免疫系,感染性ウイルス疾患,およびシグナル伝達に関連していた。急性相応答蛋白質であるブタ血清アミロイドA-3蛋白質(SAA3)のmRNAは感染時に有意にアップレギュレートされた。IPEC-J2細胞における過剰発現SAA3はSADS-CoVの複製を劇的に阻害したが,SAA3はウイルス複製を促進した。著者らの知る限り,これはRNA-Seq技術によりSADS-CoVに感染したIPEC-J2細胞の遺伝子発現プロファイルに関する最初の報告である。結果は,SADS-CoV感染が宿主細胞遺伝子発現パターンを有意に修飾し,宿主細胞が免疫応答,シグナルおよびサイトカイン形質導入および抗ウイルス応答を含む高度に特異的な様式で応答することを示した。所見は,SADS-CoV感染におけるIPEC-J2のトランスクリプトームに重要な洞察を提供する。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 相互作用 ,  *RNA【核酸】 ,  mRNA ,  遺伝子 ,  免疫反応 ,  ウイルス感染症 ,  遺伝子発現 ,  細胞情報伝達 ,  サイトカイン ,  上皮細胞 ,  オントロジー ,  *トランスクリプトーム
準シソーラス用語： 宿主細胞 ,  過剰発現 ,  差次的遺伝子発現 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： SADS-CoV ,  RNA-Seq ,  トランスクリプトーム ,  遺伝子発現 ,  ブタ血清アミロイドA-3

分類 (3件)： ウイルス感染の生理と病原性  (EG04042Y) ,  遺伝子発現  (EC02040Q) ,  ウイルスによる動物の伝染病  (FE02024R)

引用文献 (48件)：

• Woo PC, Lau SK, Lam CS, Lau CC, Tsang AK, Lau JH, et al. Discovery of seven novel Mammalian and avian coronaviruses in the genus deltacoronavirus supports bat coronaviruses as the gene source of alphacoronavirus and betacoronavirus and avian coronaviruses as the gene source of gammacoronavirus and deltacoronavirus. J Virol. (2012) 86:3995-4008. doi: 10.1128/JVI.06540-11
• Wang Q, Vlasova AN, Kenney SP, Saif LJ. Emerging and re-emerging coronaviruses in pigs. Curr Opin Virol. (2019) 34:39-49. doi: 10.1016/j.coviro.2018.12.001
• Zhou P, Fan H, Lan T, Yang XL, Shi WF, Zhang W, et al. Fatal swine acute diarrhoea syndrome caused by an HKU2-related coronavirus of bat origin. Nature. (2018) 556:255-8. doi: 10.1038/s41586-018-0010-9
• Zhou L, Sun Y, Lan T, Wu RT, Chen JW, Wu ZX, et al. Retrospective detection and phylogenetic analysis of swine acute diarrhea syndrome coronavirus in pigs in southern China. Transbound Emerg Dis. (2018) 66:687-95. doi: 10.1111/tbed.13008
• Gong L, Li J, Zhou Q, Xu Z, Chen L, Zhang Y, et al. A new bat-HKU2-like coronavirus in Swine, China, 2017. Emerg Infect Dis. (2017) 23:1607-9. doi: 10.3201/eid2309.170915

タイトルに関連する用語 (8件)： ブタ ,  急性下痢 ,  症候群 ,  コロナ ,  ウイルス感染 ,  細胞 ,  RNA-seq ,  トランスクリプトーム解析