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J-GLOBAL ID：202002237582888601   整理番号：20A1863491

FPGA上の配列アラインメントの最適化 拡張配列アラインメント(Abstact Oly)の事例研究【JST・京大機械翻訳】

Optimizations of Sequence Alignment on FPGA A Case Study of Extended Sequence Alignment (Abstact Only)

著者 (2件)： Jin Zheming (Argonne National Laboratory, Argonne, USA) ,  Yoshii Kazutomo (Argonne National Laboratory, Argonne , USA)
資料名： ACM Proceedings  (ACM Proceedings)
号： FPGA ’18  ページ： 285  発行年： 2018年 
JST資料番号： D0698C  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 配列間の類似性の検出はバイオインフォマティクスの重要な部分である。このポストでは,シーケンスアラインメントアルゴリズムを最適化するため,高レベル合成ツールとフィールドプログラマブルゲートアレイ(FPGA)の使用を検討した。著者らは,BWAソフトウェアパッケージにおける拡張配列アラインメントアルゴリズムの性能を改善するための最適化技術を実証し,大きな参照配列に対するDNAシーケンスのマッピングのためのツールであった。Xilinx SDAccel OpenCL-to-FPGAツールを用いたアルゴリズムへの最適化を適用して,電力消費がADM-PCIE-8K5FPGAプラットフォーム上で約11Wattsである間,カーネル実行時間を62.8msから0.45msに低減した。Please refer to this article’s citation page on the publisher website for specific rights information. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *アラインメント ,  アルゴリズム ,  *最適化 ,  最適化手法 ,  電力消費 ,  プログラムパッケージ ,  *事例研究 ,  類似性 ,  *FPGA
準シソーラス用語： *配列アライメント ,  バイオインフォマティクス ,  DNA配列 ,  実行時間 ,  OpenCL , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： fpga ,  Opencl ,  配列アラインメント

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (5件)： FPGA ,  配列アラインメント ,  最適化 ,  拡張 ,  研究