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J-GLOBAL ID：202002237655543675   整理番号：20A2125557

Camelliaにおける単一分子長読取配列決定によるオルタナティブスプライス遺伝子イソ型および新規非コードRNAの同定【JST・京大機械翻訳】

Identification of alternatively spliced gene isoforms and novel noncoding RNAs by single-molecule long-read sequencing in Camellia

著者 (15件)： Hu Zhikang (State Key Laboratory of Tree Genetics and Breeding, Research Institute of Subtropical Forestry, Chinese Academy of Forestry, Hangzhou, Zhejiang, China) ,  Hu Zhikang (College of Information Science and Technology, Nanjing Forestry University, Nanjing, China) ,  Hu Zhikang (Key Laboratory of Forest Genetics and Breeding, Research Institute of Subtropical Forestry, Chinese Academy of Forestry, Hangzhou, Zhejiang, China) ,  Lyu Tao (State Key Laboratory of Tree Genetics and Breeding, Research Institute of Subtropical Forestry, Chinese Academy of Forestry, Hangzhou, Zhejiang, China) ,  Lyu Tao (Key Laboratory of Forest Genetics and Breeding, Research Institute of Subtropical Forestry, Chinese Academy of Forestry, Hangzhou, Zhejiang, China) ,  Yan Chao (State Key Laboratory of Tree Genetics and Breeding, Research Institute of Subtropical Forestry, Chinese Academy of Forestry, Hangzhou, Zhejiang, China) ,  Yan Chao (Experimental Center for Subtropical Forestry, Chinese Academy of Forestry, Fenyi, Jiangxi, China) ,  Wang Yupeng (State Key Laboratory of Tree Genetics and Breeding, Research Institute of Subtropical Forestry, Chinese Academy of Forestry, Hangzhou, Zhejiang, China) ,  Wang Yupeng (College of Information Science and Technology, Nanjing Forestry University, Nanjing, China) ,  Ye Ning (College of Information Science and Technology, Nanjing Forestry University, Nanjing, China) ,  Fan Zhengqi (Key Laboratory of Forest Genetics and Breeding, Research Institute of Subtropical Forestry, Chinese Academy of Forestry, Hangzhou, Zhejiang, China) ,  Li Xinlei (Key Laboratory of Forest Genetics and Breeding, Research Institute of Subtropical Forestry, Chinese Academy of Forestry, Hangzhou, Zhejiang, China) ,  Li Jiyuan (Key Laboratory of Forest Genetics and Breeding, Research Institute of Subtropical Forestry, Chinese Academy of Forestry, Hangzhou, Zhejiang, China) ,  Yin Hengfu (State Key Laboratory of Tree Genetics and Breeding, Research Institute of Subtropical Forestry, Chinese Academy of Forestry, Hangzhou, Zhejiang, China) ,  Yin Hengfu (Key Laboratory of Forest Genetics and Breeding, Research Institute of Subtropical Forestry, Chinese Academy of Forestry, Hangzhou, Zhejiang, China)
資料名： RNA Biology  (RNA Biology)
巻： 17  号： 7  ページ： 966-976  発行年： 2020年 
JST資料番号： W6041A  ISSN： 1547-6286  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ABSTRACT:完全長転写物の直接単一分子配列決定は,選択的スプライシング(AS),ポリアデニル化,および長い非コードRNA分析に適した遺伝子イソ型の効率的な同定を可能にする。しかし,新規調節機能を有する遺伝子イソ型と長い非コードRNAの同定は,特に参照ゲノムのない種に対して,困難なままである。ここでは,Camellia japonicaにおける複合長読および短読取トランスクリプトーム配列決定の包括的解析を示した。分裂部位を逆追跡する新しい生物情報学パイプラインを通して,著者らは61838の転写産物から257,692のAS部位を明らかにした。そして,13,068のASアイソフォームを,短い読取を整列することによって検証した。組織特異的ASイソ型を,全ての組織で見出した6,373AS事象と共に同定した。さらに,転写物のポリアデニル化(polyA)パターンを解析し,ポリAシグナルの優先性がASと非AS転写物の間で異なることを見出した。さらに,トランスクリプトームと小RNA配列決定の統合解析により,フェイズド低分子干渉RNA(phasiRNA)遺伝子座を予測した。リポキシゲナーゼ由来の新しく進化したphasiRNA遺伝子座は12の連続した21bpの二次RNAを生成し,それはCamelliaの寒冷および熱ストレスに応答することを示した。イソ型トランスクリプトームの研究は,植物の機構的理解を促進する遺伝子スプライシングと機能への洞察を提供する。Please refer to the publisher for the copyright holders. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *RNA【核酸】 ,  *遺伝子 ,  リポキシゲナーゼ ,  ポリAMP ,  暑熱ストレス ,  選択的スプライシング ,  *ツバキ属 ,  ポリアデニル化 ,  トランスクリプトーム ,  siRNA
準シソーラス用語： *非翻訳RNA ,  *単一分子 ,  バイオインフォマティクス ,  転写産物 ,  低分子RNA , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 選択的スプライシング ,  単一分子配列決定 ,  フェーズド低分子干渉RNA ,  ポリアデニル化 ,  Camellia ,  リポキシゲナーゼ

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (7件)： Camellia ,  単一分子 ,  読取 ,  遺伝子 ,  イソ型 ,  非コードRNA ,  同定