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J-GLOBAL ID：202002237738996154   整理番号：20A2251512

SARS-CoV-2蛋白質コード遺伝子およびグリコシル化部位予測における選択的圧力【JST・京大機械翻訳】

Selective pressure on SARS-CoV-2 protein coding genes and glycosylation site prediction

著者 (4件)： Lo Presti Alessandra (Department of Infectious Diseases, Istituto Superiore di Sanita, Rome, Italy) ,  Rezza Giovanni (Department of Infectious Diseases, Istituto Superiore di Sanita, Rome, Italy) ,  Rezza Giovanni (Health Prevention Directorate, Ministry of Health, Rome, Italy) ,  Stefanelli Paola (Department of Infectious Diseases, Istituto Superiore di Sanita, Rome, Italy)
資料名： Heliyon  (Heliyon)
巻： 6  号： 9  ページ： Null  発行年： 2020年 
JST資料番号： W3098A  ISSN： 2405-8440  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 新たに発見されたCoronavirus,SARS-CoV-2による熱性呼吸器疾患の流行は,湖北省(中国)の武漢市で2019年中旬に最初に検出された。ウイルスは世界でほとんどの国に広がった。RNAウイルスとして,SARS-CoV-2は固定される突然変異を獲得する可能性がある。本研究の目的は,SARS-CoV-2蛋白質コード遺伝子に作用する選択的圧力を評価することであった。突然変異とグリコシル化部位予測をSARS-CoV-2ゲノム(464から477配列)で分析した。表面糖蛋白質(S)に対する選択的圧力は,受容体結合ドメイン(RBD)の外側に位置する1つの正選択部位(AA943)を明らかにした。変異解析により,RDB内部に位置する変異(AA位置367,458,477,483,491)を有する表面糖蛋白質上の5残基を同定した。陽性選択圧はnsp2,nsp3,nsp4,nsp6,nsp12,ヘリカーゼ,ORF3a,ORF8およびNサブセットで同定された。SARS-CoV-2表面糖蛋白質において,合計22の予測N-グリコシル化位置を見出した。それらの1つ,343NはRBD内に位置した。1つの予測N-グリコシル化部位を,特異的蛋白質3a配列におけるM蛋白質および4つの潜在的O-グリコシル化部位において見出した。全体として,データは特異的蛋白質コード遺伝子に作用する正の圧力と変異を示した。これらの知見は,i)ワクチンデザインのためのマーカー,ii)新しい治療アプローチ,iii)SARS-CoV-2細胞侵入を阻害するための変異誘発実験を実施するための情報を提供する。SARS-CoV-2蛋白質コード遺伝子で同定された陰性選択は,新しい将来の診断プロトコルを実行するのに有用な高度に保存された領域の同定を助ける可能性がある。Copyright 2020 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *遺伝子 ,  呼吸器疾患 ,  受容体 ,  *タンパク質 ,  糖タンパク質 ,  突然変異 ,  ウイルス感染症 ,  RNAウイルス ,  結合部位 ,  変異誘発 ,  公衆衛生 ,  *グリコシル化
準シソーラス用語： *SARSウイルス ,  *重症急性呼吸器症候群 ,  ヘリカーゼ ,  残基 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (11件)： 生物情報学 ,  微生物学 ,  公衆衛生 ,  ウイルス学 ,  感染症 ,  進化生物学 ,  SARS-CoV-2 ,  選択的圧力 ,  突然変異 ,  グリコシル化 ,  受容体結合ドメイン

分類 (1件)： ウイルスの生化学  (EG04030F)

タイトルに関連する用語 (5件)： SARS-CoV-2 ,  蛋白質 ,  遺伝子 ,  グリコシル化 ,  予測