文献

J-GLOBAL ID：202002237855390256   整理番号：20A2755404

栽培ピーナッツ(Arachis hypogaea L.)からのマイクロサテライトマーカーの全ゲノム同定【JST・京大機械翻訳】

Genome-wide identification of microsatellite markers from cultivated peanut ( Arachis hypogaea L.)

著者 (15件)： Lu Qing (Crops Research Institute, Guangdong Academy of Agricultural Sciences, South China Peanut Sub-Center of National Center of Oilseed Crops Improvement, Guangdong Provincial Key Laboratory for Crop Genetic Improvement, Guangzhou, China) ,  Hong Yanbin (Crops Research Institute, Guangdong Academy of Agricultural Sciences, South China Peanut Sub-Center of National Center of Oilseed Crops Improvement, Guangdong Provincial Key Laboratory for Crop Genetic Improvement, Guangzhou, China) ,  Li Shaoxiong (Crops Research Institute, Guangdong Academy of Agricultural Sciences, South China Peanut Sub-Center of National Center of Oilseed Crops Improvement, Guangdong Provincial Key Laboratory for Crop Genetic Improvement, Guangzhou, China) ,  Liu Hao (Crops Research Institute, Guangdong Academy of Agricultural Sciences, South China Peanut Sub-Center of National Center of Oilseed Crops Improvement, Guangdong Provincial Key Laboratory for Crop Genetic Improvement, Guangzhou, China) ,  Li Haifen (Crops Research Institute, Guangdong Academy of Agricultural Sciences, South China Peanut Sub-Center of National Center of Oilseed Crops Improvement, Guangdong Provincial Key Laboratory for Crop Genetic Improvement, Guangzhou, China) ,  Zhang Jianan (MolBreeding Biotechnology Co., Ltd., Shijiazhuang, China) ,  Lan Haofa (MolBreeding Biotechnology Co., Ltd., Shijiazhuang, China) ,  Liu Haiyan (Crops Research Institute, Guangdong Academy of Agricultural Sciences, South China Peanut Sub-Center of National Center of Oilseed Crops Improvement, Guangdong Provincial Key Laboratory for Crop Genetic Improvement, Guangzhou, China) ,  Li Xingyu (Crops Research Institute, Guangdong Academy of Agricultural Sciences, South China Peanut Sub-Center of National Center of Oilseed Crops Improvement, Guangdong Provincial Key Laboratory for Crop Genetic Improvement, Guangzhou, China) ,  Wen Shijie (Crops Research Institute, Guangdong Academy of Agricultural Sciences, South China Peanut Sub-Center of National Center of Oilseed Crops Improvement, Guangdong Provincial Key Laboratory for Crop Genetic Improvement, Guangzhou, China) ,  Zhou Guiyuan (Crops Research Institute, Guangdong Academy of Agricultural Sciences, South China Peanut Sub-Center of National Center of Oilseed Crops Improvement, Guangdong Provincial Key Laboratory for Crop Genetic Improvement, Guangzhou, China) ,  Varshney Rajeev K. (Center of Excellence in Genomics & Systems Biology, International Crops Research Institute for the Semi-Arid Tropics (ICRISAT), Hyderabad, India) ,  Jiang Huifang (Key Laboratory of Biology and Genetic Improvement of Oil Crops, Ministry of Agriculture, Oil Crops Research Institute of the Chinese Academy of Agricultural Sciences, Wuhan, China) ,  Chen Xiaoping (Crops Research Institute, Guangdong Academy of Agricultural Sciences, South China Peanut Sub-Center of National Center of Oilseed Crops Improvement, Guangdong Provincial Key Laboratory for Crop Genetic Improvement, Guangzhou, China) ,  Liang Xuanqiang (Crops Research Institute, Guangdong Academy of Agricultural Sciences, South China Peanut Sub-Center of National Center of Oilseed Crops Improvement, Guangdong Provincial Key Laboratory for Crop Genetic Improvement, Guangzhou, China)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 20  号： 1  ページ： 1-9  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： マイクロサテライトまたは単純配列反復(SSRs)は,植物ゲノム全体にわたって広く分布する重要なDNA変異を表し,SSRマーカーを開発するために使用可能であり,遺伝子解析と分子育種を行うのに使用できる。世界的に重要な油作物である栽培ピーナッツ(A.hypogaea L.)は,同種四倍体(AABB,2n=4×40)植物種である。その複雑なゲノムのため,ゲノムマーカー開発は非常に困難である。しかし,栽培ピーナッツゲノムの配列決定はゲノムマーカーを開発し,高密度物理的地図を構築することができた。サブゲノムA,B,および9つの足場にそれぞれ分布した3,772,653,414,961,および141882のSSRを含む合計8,329,496のSSRを同定した。同定されたSSRsの隣接配列に基づいて,合計973,984の新たに開発されたSSRマーカーを,サブゲノムA(462,267),B(489,394)および9つの足場(22,323)で開発し,平均密度は392.45マーカー/Mbであった。in silico PCR評価は,SSRマーカーの平均88.32%が,2つの四倍体A.hypogaea品種,TifrunnerおよびShitouqiにおいて,1つのin silico特異的産物のみを生成することを示した。合計39,599の共通SSRマーカーを,2つのA.hypogaea品種と2つの祖先,A.durensisとA.ipaensisの間で同定した。さらに,実際のPCR検証により44.15%の増幅効果が観察された。さらに,合計1276の公共SSR遺伝子座を新しく開発されたSSRマーカーと統合した。最後に,以前に知られている葉スポット量的形質遺伝子座(QTL),qLLS_T13_A057を染色体A05上の1.448-Mb領域であると決定した。この領域では,合計819の新たに開発されたSSRマーカーが位置し,108の候補遺伝子が検出された。これらの新しく開発されたおよび公共SSRマーカーのアベイラビリティは,形質遺伝分析のプロセスを増強し,栽培ナンキンマメの分子育種戦略を改善するために潜在的に使用できる多数の分子マーカーを提供する。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： DNA【核酸】 ,  染色体 ,  *ナンキンマメ ,  アベイラビリティ ,  *ゲノム ,  *栽培 ,  品種 ,  四倍体 ,  量的形質遺伝子座 ,  *ラッカセイ属 ,  *マイクロサテライト
準シソーラス用語： 分子マーカー ,  *マイクロサテライトマーカー ,  分子育種 ,  候補遺伝子 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： ゲノム配列 ,  単純配列反復 ,  分子育種 ,  ピーナッツ(Arachis hypogaea L.)

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (40件)：

• Plant Biotechnol J; Progress in genetic engineering of peanut (Arachis hypogaea L.)-a review; G Krishna, BK Singh, EK Kim, VK Morya, PW Ramteke; 13; 2015; 147-162; 10.1111/pbi.12339; citation_id=CR1
• BMC Genet; Identification of QTLs associated with oil content and mapping FAD2 genes and their relative contribution to oil quality in peanut (Arachis hypogaea L.); MK Pandey, ML Wang, L Qiao, S Feng, P Khera, H Wang; 15; 2014; 133; 10.1186/s12863-014-0133-4; citation_id=CR2
• Mol Breed; Genetic mapping of yield traits using RIL population derived from Fuchuan Dahuasheng and ICG6375 of peanut (Arachis hypogaea L.); Y Chen, X Ren, Y Zheng, X Zhou, L Huang, L Yan; 37; 2017; 17; 10.1007/s11032-016-0587-3; citation_id=CR3
• Plant Sci; Molecular mapping of oil content and fatty acids using dense genetic maps in groundnut (Arachis hypogaea L.). front; Y Shasidhar, MK Vishwakarma, MK Pandey, P Janila, MT Variath, SS Manohar; 8; 2017; 794; citation_id=CR4
• Theor Appl Genet; Mapping of a dominant rust resistance gene revealed two R genes around the major rust_QTL in cultivated peanut (Arachis hypogaea L.); S Mondal, AM Badigannavar; 131; 2018; 1671-1681; 10.1007/s00122-018-3106-6; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (6件)： 栽培 ,  ピーナッツ ,  Arachis ,  マイクロサテライトマーカー ,  ゲノム ,  同定