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J-GLOBAL ID：202002240199629362   整理番号：20A2191166

SHREC2020:マルチドメイン蛋白質形状検索チャレンジ【JST・京大機械翻訳】

SHREC 2020: Multi-domain protein shape retrieval challenge

著者 (25件)： Langenfeld Florent (Laboratoire de Genomique, Bio-informatique et Chimie Moleculaire (GBCM), EA 7528, Conservatoire National des Arts-et-Metiers, HESAM Universite, 2, rue Conte, Paris 75003, France) ,  Peng Yuxu (School of Computer and Communication Engineering, Changsha University of Science & Technology, Changsha 410114, Hunan Province, China) ,  Lai Yu-Kun (School of Computer Science and Informatics, Cardiff University, Cardiff CF24 3AA, UK) ,  Rosin Paul L. (School of Computer Science and Informatics, Cardiff University, Cardiff CF24 3AA, UK) ,  Aderinwale Tunde (Department of Computer Science, Purdue University, West Lafayette, IN, 47907, USA) ,  Terashi Genki (Department of Biological Sciences, Purdue University, West Lafayette, IN, 47907, USA) ,  Christoffer Charles (Department of Computer Science, Purdue University, West Lafayette, IN, 47907, USA) ,  Kihara Daisuke (Department of Computer Science, Purdue University, West Lafayette, IN, 47907, USA) ,  Kihara Daisuke (Department of Biological Sciences, Purdue University, West Lafayette, IN, 47907, USA) ,  Benhabiles Halim (Univ. Lille, CNRS, Centrale Lille, Univ. Polytechnique Hauts-de-France, Yncrea Hauts-de-France, UMR 8520 - IEMN, Lille F-59000, France) ,  Hammoudi Karim (Universite de Haute-Alsace, Department of Computer Science, IRIMAS, Mulhouse F-68100, France) ,  Hammoudi Karim (Universite de Strasbourg, France) ,  Cabani Adnane (Normandie University, UNIROUEN, ESIGELEC, IRSEEM, Rouen 76000, France) ,  Windal Feryal (Univ. Lille, CNRS, Centrale Lille, Univ. Polytechnique Hauts-de-France, Yncrea Hauts-de-France, UMR 8520 - IEMN, Lille F-59000, France) ,  Melkemi Mahmoud (Universite de Haute-Alsace, Department of Computer Science, IRIMAS, Mulhouse F-68100, France) ,  Melkemi Mahmoud (Universite de Strasbourg, France) ,  Giachetti Andrea (Department of Computer Science, University of Verona, Italy) ,  Mylonas Stelios (Information Technologies Institute, Centre for Research and Technology Hellas, Greece) ,  Axenopoulos Apostolos (Information Technologies Institute, Centre for Research and Technology Hellas, Greece) ,  Daras Petros (Information Technologies Institute, Centre for Research and Technology Hellas, Greece) ,  Otu Ekpo (Department of Computer Science, Aberystwyth University, Aberystwyth, SY23 3DB, UK) ,  Zwiggelaar Reyer (Department of Computer Science, Aberystwyth University, Aberystwyth, SY23 3DB, UK) ,  Hunter David (Department of Computer Science, Aberystwyth University, Aberystwyth, SY23 3DB, UK) ,  Liu Yonghuai (Department of Computer Science, Edge Hill University, Ormskirk L39 4QP, UK) ,  Montes Matthieu (Laboratoire de Genomique, Bio-informatique et Chimie Moleculaire (GBCM), EA 7528, Conservatoire National des Arts-et-Metiers, HESAM Universite, 2, rue Conte, Paris 75003, France)
資料名： Computers & Graphics  (Computers & Graphics)
巻： 91  ページ： 189-198  発行年： 2020年 
JST資料番号： D0525B  ISSN： 0097-8493  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質は,通常,いくつかのドメインから成る天然のモジュール型物体であり,各ドメインは,その表面を介して媒介される特定の機能を持ち,隣接分子にアクセス可能である。これは,蛋白質構造比較法によりほとんど開発されていない,蛋白質構造,すなわち表面,の研究された特性に注意する。本研究では,6つの形状比較法の性能を評価し,その中で3つは機械学習に基づき,588のマルチドメイン蛋白質を識別し,SCOPeデータベースの蛋白質および種レベルで進化的関係を再現する。チャレンジに参加した6グループは合計15セットの結果を与えた。全ての方法の性能は種レベルで有意に減少し,形状のみの蛋白質比較が密接に関連する蛋白質に対して困難であることを示唆した。データセットがサイズ(わずか588の蛋白質が考慮されているのに対して,わずか588の蛋白質が実験的に解決される)であっても,本研究は,現在の形状比較方法の性能に有益な洞察を提供し,計算コストによる大規模な応用への可能な限界を強調する。Copyright 2020 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： データベース ,  *タンパク質 ,  機械学習
準シソーラス用語： 計算コスト ,  *マルチドメイン ,  *形状検索 ,  蛋白質構造 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 3D形状解析 ,  3D形状記述子 ,  3D形状検索 ,  3D形状マッチング ,  蛋白質形状 ,  SHREC

分類 (1件)： 図形・画像処理一般  (JE04010I)

タイトルに関連する用語 (3件)： マルチドメイン ,  蛋白質 ,  形状検索