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J-GLOBAL ID：202002240730659653   整理番号：20A2760835

細菌配列決定実験における汚染DNAは偽遺伝的変異の主要源である【JST・京大機械翻訳】

Contaminant DNA in bacterial sequencing experiments is a major source of false genetic variability

著者 (6件)： Goig Galo A. (Institute of Biomedicine of Valencia, IBV-CSIC, Valencia, Spain) ,  Blanco Silvia (Centro de Investigacao em Saude de Manhica (CISM), Maputo, Mozambique) ,  Garcia-Basteiro Alberto L. (Centro de Investigacao em Saude de Manhica (CISM), Maputo, Mozambique) ,  Garcia-Basteiro Alberto L. (ISGlobal, Hospital Clinic - Universitat de Barcelona, Barcelona, Spain) ,  Comas Inaki (Institute of Biomedicine of Valencia, IBV-CSIC, Valencia, Spain) ,  Comas Inaki (CIBER in Epidemiology and Public Health, Madrid, Spain)
資料名： BMC Biology (Web)  (BMC Biology (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 1-15  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7046A  ISSN： 1741-7007  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 汚染物質DNAは,分子生物学およびゲノムリポジトリにおける良く知られた交絡因子である。驚くべきことに,全ゲノム配列決定(WGS)データのための分析ワークフローは,汚染によって潜在的に導入された誤差を一般的に説明せず,それは,基礎および臨床研究の両方で対立遺伝子頻度の誤った評価につながる可能性がある。20の異なる研究から4000以上の細菌サンプルから汚染物質を読み出すために分類学的フィルタを使用し,WGSにおける汚染物質DNAの程度と影響の包括的評価を実施した。汚染は普及し,変異解析に大きなバイアスを導入できることを見出した。これらのバイアスは,わずかな汚染のサンプルに対してさえ,数百の偽陽性と陰性のSNPをもたらすことができることを示した。配列決定データから複雑な生物学的形質を調べる研究は,汚染がバイオインフォマティクス分析中に無視される場合,完全に偏ることができ,分類学的分類器による汚染物質読み取りの除去がより正確な変異体呼出しを可能にすることを示した。信頼できる汚染意識分析パイプラインを評価し実装するために,実データとシミュレーションデータの両方を使用した。配列決定技術は,研究および臨床状況においてますます採用される精度ツールとして固められるので,著者らの結果は,汚染意識分析パイプラインの実用化のために,著者らの結果に反する。タキソノミー分類器は,そのようなパイプラインを実装するための強力なツールである。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： シミュレーション ,  汚染物質 ,  *細菌 ,  *DNA【核酸】 ,  ゲノム ,  分子生物学 ,  遺伝子頻度 ,  ワークフロー ,  リポジトリ
準シソーラス用語： バイオインフォマティクス ,  ゲノム配列 ,  *遺伝的変異 ,  変異解析 ,  分類学 ,  臨床研究 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (3件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  遺伝子操作  (EC02050B) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

引用文献 (59件)：

• Curr Opin Microbiol.; High-throughput sequencing for the study of bacterial pathogen biology; PR McAdam, EJ Richardson, FJ Ross; 19; 2014; 106-113; 10.1016/j.mib.2014.06.002; citation_id=CR1
• Nat Rev Genet.; Transforming clinical microbiology with bacterial genome sequencing; X Didelot, R Bowden, DJ Wilson, TEA Peto, DW Crook; 13; 2012; 601-612; 10.1038/nrg3226; citation_id=CR2
• PLoS Genet.; Correction: A year of infection in the intensive care unit: prospective whole genome sequencing of bacterial clinical isolates reveals cryptic transmissions and novel microbiota; DJ Roach, JN Burton, C Lee, B Stackhouse, SM Butler-Wu, BT Cookson; 13; 2017; 10.1371/journal.pgen.1006724; citation_id=CR3
• Methods Mol Biol.; Whole-genome enrichment using RNA probes and sequencing of Chlamydia trachomatis directly from clinical samples; AC Brown, MT Christiansen; 2017; 1616; 1-22; citation_id=CR4
• J Clin Microbiol.; Whole-genome sequencing for high-resolution investigation of methicillin-resistant Staphylococcus aureus epidemiology and genome plasticity; DJ SenGupta, LA Cummings, DR Hoogestraat, SM Butler-Wu, J Shendure, BT Cookson; 52; 2014; 2787-2796; 10.1128/JCM.00759-14; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (5件)： 細菌 ,  実験 ,  汚染 ,  DNA ,  遺伝的変異