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J-GLOBAL ID：202002240813885251   整理番号：20A2486095

イタリア,ブタおよびイノシシにおけるE型肝炎ウイルス3fおよび3cの系統学的解析と疫学的歴史【JST・京大機械翻訳】

Phylogenetic analysis and epidemiological history of Hepatitis E virus 3f and 3c in swine and wild boar, Italy

著者 (11件)： Lo Presti Alessandra (Department of Infectious Diseases, Istituto Superiore di Sanita, Rome, Italy) ,  Bruni Roberto (Department of Infectious Diseases, Istituto Superiore di Sanita, Rome, Italy) ,  Villano Umbertina (Department of Infectious Diseases, Istituto Superiore di Sanita, Rome, Italy) ,  Marcantonio Cinzia (Department of Infectious Diseases, Istituto Superiore di Sanita, Rome, Italy) ,  Equestre Michele (Department of Cell Biology and Neurosciences, Istituto Superiore di Sanita, Rome, Italy) ,  Ciuffetelli Massimo (Azienda ASL Avezzano Sulmona L’Aquila, L’Aquila, Italy) ,  Grimaldi Alessandro (Infectious Disease Department, S. Salvatore Hospital, L’Aquila, Italy) ,  Suffredini Elisabetta (Department of Food Safety, Nutrition and Veterinary Public Health, Istituto Superiore di Sanita, Rome, Italy) ,  Di Pasquale Simona (Department of Food Safety, Nutrition and Veterinary Public Health, Istituto Superiore di Sanita, Rome, Italy) ,  De Medici Dario (Department of Food Safety, Nutrition and Veterinary Public Health, Istituto Superiore di Sanita, Rome, Italy) ,  Ciccaglione Anna Rita (Department of Infectious Diseases, Istituto Superiore di Sanita, Rome, Italy)
資料名： Heliyon  (Heliyon)
巻： 6  号： 10  ページ： Null  発行年： 2020年 
JST資料番号： W3098A  ISSN： 2405-8440  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： E型肝炎ウイルス(HEV)遺伝子型3は世界的な分布を有する。国内ブタ由来の製品の消費と関連するHEVの食品媒介伝染は,様々な国で報告されている。本研究では,イタリアのブタと野生イノシシの遺伝的多様性,HEV 3fの進化的速度,3cを推定した。サンプリングは,Abruzzo地域に位置する地域に住む野生イノシシ個体群で実施した。HEV RNA増幅をリアルタイムRT-PCRにより行った。Nested RT-PCRおよびORF2領域の配列決定を,Super Script III First-Strand合成システムにより行った。精製したPCR産物の配列決定を,ゲノムLab色素Terminatorサイクル配列決定(DTCS)Quick Start Kitにより行った。最尤樹木はPhymlを用いて生成された。平均進化率と日付樹木をBEASTによって共推定した。系統発生分析は,Abruzzo地域からのHEV ORF2分離株が3fサブタイプに属することを示した。イタリアの優勢なサブタイプは3fと3cに属するものであった。HEV ORF2カプシド遺伝子進化率の推定平均値は,3fおよび3cサブタイプデータセットに対して,それぞれ1.915×10-2置換/部位/年(95%HPD:1.64×10-3~3.97×10-2)および2.81×10-2置換/部位/年(1.83×10-2~3.8×10-2)であった。HEV 3fは1985年(1960~2000年)に遡ったが,3cサブタイプは2006年(2005~2006年)の間にイタリアに入った。ブタから採取したHEV 3f配列の大多数は,2例を除き,混合しなかった。イタリアで循環するHEV 3c個体群はブタへの有意な移動なしに分離された。本研究は,イタリアにおけるHEV 3fと3cの進化,循環への洞察を提供する。動物貯水池におけるHEVの継続的なゲノム監視および衛生管理対策の改善が必要である。Copyright 2020 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 貯水池 ,  食品 ,  最尤法 ,  動物 ,  遺伝子型 ,  色素 ,  系統発生 ,  ゲノム ,  分子進化 ,  個体群 ,  *疫学 ,  カプシド ,  RT-PCR法
準シソーラス用語： *E型肝炎ウイルス ,  系統解析 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： 生物情報学 ,  微生物学 ,  疫学 ,  E型肝炎ウイルス ,  分子進化 ,  系統発生 ,  動物貯水池 ,  ゲノムサーベイランス

分類 (1件)： ウイルスによる動物の伝染病  (FE02024R)

タイトルに関連する用語 (8件)： イタリア ,  ブタ ,  イノシシ ,  E型肝炎ウイルス ,  系統学 ,  解析 ,  疫学 ,  歴史