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J-GLOBAL ID：202002241702540608   整理番号：20A2179286

陸川ブタのANKRD1遺伝子クローンとその発現差異分析【JST・京大機械翻訳】

Gene cloning and differential expression analysis of ANKRD1 gene in Luchuan pig

著者 (6件)： Pan Pengcheng (广西大学動物科学技術学院,南寧,530004) ,  Jiao Di (广西大学動物科学技術学院,南寧,530004) ,  Xie Wan (广西大学動物科学技術学院,南寧,530004) ,  Chen Baojian (广西畜牧研究所/广西家畜遺伝改良重点実験室,南寧,530001) ,  Guan Zhihui (广西畜牧研究所/广西家畜遺伝改良重点実験室,南寧,530001) ,  Xie Bingkun (广西大学動物科学技術学院,南寧 530004;广西畜牧研究所/广西家畜遺伝改良重点実験室,南寧 530001)
資料名： Nanfang Nongye Xuebao  (Nanfang Nongye Xuebao)
巻： 51  号： 6  ページ： 1470-1477  発行年： 2020年 
JST資料番号： C2960A  ISSN： 2095-1191  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： [目的]陸川ブタの心筋アンカータンパク質反復ドメイン1遺伝子(ANKRD1)をクローニングし、バイオインフォマティクス及び組織発現プロファイリングを行い、ANKRD1の陸川豚体内における機能作用を研究するための参考根拠を提供する。【方法】NCBIによって公表されたブタのANKRD1遺伝子配列(NM_213922.1)を用いて,特異的プライマーを設計し,TRIzol法により,心臓,肝臓,脾臓,肺,腎臓,背最長筋および皮下脂肪の全RNAを抽出した。cDNAを逆転写して合成し,ANKRD1遺伝子をテンプレートとしてクローニングし,MegAlign,Protaram,Protscale,MHMMServerおよびSig-nalPなどのオンライン分析ソフトウェアによりバイオインフォマティクス分析を行った。最後に、リアルタイム蛍光定量PCRを用いて、ANKRD1遺伝子が陸川豚の各組織における発現状況を測定した。[結果]陸川ブタのANKRD1遺伝子タンパク質コード領域(CDS)の全長は960bpであり、319のアミノ酸残基をコードし、NCBIがすでに公表されているブタANKRD1遺伝子(NM_213922.1)のCDS配列に4つの塩基変異が存在する。しかし、いずれも同義突然変異であり、両者のANKRD1アミノ酸配列の相同性は99.6%であった。ANKRD1遺伝子コード化蛋白質の分子量は36125.70Daであり,理論的等電点(pI)は7.09であり,安定蛋白質に属し,その二次構造におけるα-ヘリックスは46.39%,ランダムコイルは39.81%,β-ターンは9.09%であった。伸び鎖は4.70%であった。陸川ブタのANKRD1タンパク質は膜貫通構造がなく、シグナルペプチドがなく、複数のリン酸化部位がある。陸川ブタのANKRD1遺伝子は心臓、肝臓、脾臓、肺臓、腎臓、背最長筋と皮下脂肪などの7つの組織に発現し、その中、心臓における相対発現量は最も高く、他の組織中の相対発現量より明らかに高かった(P<0.05、下同)。脾臓における相対発現量は最低であり、心臓、肝臓、肺臓と背最長筋における相対発現量より明らかに低かった。[結論]ANKRD1遺伝子は、陸川豚の心臓、肝臓、脾臓、肺臓、腎臓、背最長筋と皮下脂肪などの組織に発現があり、明らかな差異があるため、ANKRD1遺伝子は異なる組織で異なる作用を発揮すると推測された。Data from Wanfang. Translated by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 心臓 ,  アミノ酸配列 ,  *遺伝子 ,  タンパク質 ,  突然変異 ,  脾臓 ,  二次構造 ,  背最長筋 ,  ソフトウェア ,  等電点 ,  *クローン ,  cDNA ,  皮下脂肪
準シソーラス用語： バイオインフォマティクス ,  クローニング , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  豚  (FD02040U)

タイトルに関連する用語 (2件)： ブタ ,  発現