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J-GLOBAL ID：202002241703996722   整理番号：20A1836847

「赤陽」キウイフルーツ全ゲノムSSRマーカーと遺伝子コドン偏性分析【JST・京大機械翻訳】

Genome-wide Analysis of SSR Markers and Codon Bias of Actinidia chinensis cv.Hongyang

著者 (5件)： Wang Yu (貴州省農業科学院果樹科学研究所,貴州貴陽,550006) ,  Tang Dongmei (貴州省農業科学院果樹科学研究所,貴州貴陽,550006) ,  Zhong Weimin (貴州省農業科学院果樹科学研究所,貴州貴陽,550006) ,  Ma Yuhua (貴州省農業科学院果樹科学研究所,貴州貴陽,550006) ,  Zhang Min (貴州省農業科学院果樹科学研究所,貴州貴陽,550006)
資料名： Xinan Nongye Xuebao  (Xinan Nongye Xuebao)
巻： 33  号： 5  ページ： 920-927  発行年： 2020年 
JST資料番号： C3020A  ISSN： 1001-4829  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： [目的]目的は「紅陽」キウイフルーツの遺伝資源鑑定と分子マーカーの補助育種に理論的根拠を提供することである。【方法】全ゲノムデータに基づき,SSRマーカー分析および遺伝子コドン偏性分析を行った。バイオインフォマティクス方法を通じて、全ゲノム及び塩基数が300bp以下のタンパク質コード配列を研究対象とし、GMATA、CodonW及びSPSSを用いて、紅陽キウイフルーツに対してSSRマーカーと遺伝子コドンの偏性分析を行った。【結果】247012のSSRユニットのうち,ジヌクレオチド反復ユニットは87.7%,長さ10bpのSSRは33.4%であった。GCの平均含有量,GC12含有量,およびGC3含有量は,それぞれ47.10%,47.6%,および45.87%であった。赤陽キウイフルーツのコドン使用モードは大腸菌とSaccharomycescerevisiaeのコドン使用パターンと差異が大きく、Pichiapastorisに近い。中性マッピングにより,GC3sとGC12の間に有意な相関はなかった。ENCマッピングは,大部分の遺伝子が曲線周辺に位置することを示した。紅陽のキウイフルーツの28個の最適コドンの中で、CGAはA結末以外に、他のコドンはすべてCあるいはGで結末し、紅陽のキウイフルーツの最適なコドンの好みはC/G結末のコドンを使用する。[結論]紅陽キウイフルーツの全ゲノムは豊富なSSR部位を持ち、高効率、快速にSSRプライマーの開発に用いることができる。キウイフルーツ遺伝子コドン使用モードはストレス突然変異と自然選択などの多重因子の影響を受け、Pichiapastorisは紅陽キーウィフルーツ遺伝子の異種発現宿主として適している。Data from Wanfang. Translated by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 大腸菌 ,  *遺伝子 ,  *コドン ,  タンパク質 ,  突然変異 ,  *ゲノム ,  多重化 ,  育種 ,  自然淘汰 ,  *キウイフルーツ ,  遺伝資源
準シソーラス用語： バイオインフォマティクス ,  分子マーカー ,  *マイクロサテライトマーカー ,  異種発現 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J)

タイトルに関連する用語 (7件)： 赤 ,  キウイフルーツ ,  ゲノム ,  SSRマーカー ,  遺伝子 ,  コドン ,  分析