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J-GLOBAL ID：202002241758779131   整理番号：20A2522012

CRHPファインダー,全ゲノムシークエンシングデータからのHelicobacter pyloriにおけるクラリスロマイシン耐性の検出のためのウェブツール【JST・京大機械翻訳】

CRHP Finder, a webtool for the detection of clarithromycin resistance in Helicobacter pylori from whole-genome sequencing data

著者 (7件)： Yusibova Melodi (Department of Clinical Microbiology, Copenhagen University Hospital (Rigshospitalet), Copenhagen, Denmark) ,  Hasman Henrik (Department of Bacteria, Parasites and Fungi, Statens Serum Institut, Copenhagen, Denmark) ,  Clausen Philip Thomas Lanken Conradsen (Research Group for Genomic Epidemiology, National Food Institute, Technical University of Denmark, Lyngby, Denmark) ,  Imkamp Frank (Institute of Medical Microbiology, University of Zurich, Zurich, Switzerland) ,  Wagner Karoline (Institute of Medical Microbiology, University of Zurich, Zurich, Switzerland) ,  Wagner Karoline (Clinical Virology Division, University Hospital Basel, Basel, Switzerland) ,  Andersen Leif Percival (Department of Clinical Microbiology, Copenhagen University Hospital (Rigshospitalet), Copenhagen, Denmark)
資料名： Helicobacter  (Helicobacter)
巻： 25  号： 6  ページ： e12752  発行年： 2020年 
JST資料番号： W2595A  ISSN： 1083-4389  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:Helicobacter pylori(H pylori)におけるクラリスロマイシンに対する耐性は23S rRNA遺伝子(A2142G,A2143G,A2142C)のドメインVにおける変異により媒介される。23S rRNA遺伝子の他の多型は低レベルのクラリスロマイシン耐性を引き起こすことが報告されているが,それらの重要性はまだ議論中である。本研究では,全ゲノム配列決定(WGS)データからクラリスロマイシン耐性を仲介する最も一般的な変異を検出するためのCRHP Finder webtoolを開発し,評価した。さらに,デンマークのコペンハーゲンにおける2017年1月~2019年9月の間にデンマーク人からの23のH.pylori株の分析を含めた。材料と方法:CRHP Finderは,k-mer配列(KMA)による生配列決定読取(高速qフォーマット)の整列により,H.pylori(大腸菌番号)における23S rRNA遺伝子のヌクレオチド位置2142,2143,2182,2244および2712における4つのヌクレオチドのそれぞれの割合を検出する。各位置のヌクレオチド分布をH.pyloriにおけるクラリスロマイシン耐性を仲介する以前に記述した点変異と比較し,クラリスロマイシン耐性表現型の遺伝子型予測を出力として示した。CRHPウェブトオールの検証のために,H.pyloriの良く特性化された菌株収集に由来する137の高速q対末端配列決定データセットを分析した。結果:CRHP Finderは,137 H pylori株の配列決定データで報告された全ての耐性変異を正しく同定した。23のデンマークのH.pylori株において,CRHP Finderは,すべての耐性株でA2143G(13%)を検出し,T2182C(13%)とC2244T(4,3%)のヌクレオチド交換を感受性株だけで検出した。結論:本研究では,H.pyloriのWGSデータから23S rRNA変異(A2142C,A2142G,A2143G,T2182C,C2244T,T2712C)の検出に基づくH.pylori耐性予測に対する最初のウェブトオールの検証を示した。Copyright 2020 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 大腸菌 ,  遺伝子 ,  遺伝子型 ,  抗細菌薬 ,  ヌクレオチド ,  表現型 ,  点突然変異 ,  *Helicobacter ,  *Web【情報システム】 ,  *Helicobacter pylori ,  rRNA遺伝子 ,  アミノ糖 ,  エーテル ,  大環状化合物 ,  ラクトン ,  配糖体 ,  デオキシ糖 ,  ピラノシド ,  糖エーテル ,  ジオール ,  第三アミン ,  ヒドロキシケトン
準シソーラス用語： 23S rRNA ,  ゲノム配列 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 23S rRNA遺伝子 ,  抗菌薬耐性 ,  クラリスロマイシン耐性 ,  Helicobacter pylori ,  感受性試験 ,  全ゲノム配列決定

分類 (2件)： 遺伝学研究法  (EC01020N) ,  感染症・寄生虫症一般  (GD01010H)

物質索引 (1件)： クラリスロマイシン

タイトルに関連する用語 (4件)： ファインダー ,  Helicobacter ,  クラリスロマイシン ,  耐性