文献

J-GLOBAL ID：202002242347802999   整理番号：20A1181309

Caudovirales目に属する尾状二本鎖DNAウイルスの分類のための連結蛋白質系統学の評価【JST・京大機械翻訳】

Evaluation of a concatenated protein phylogeny for classification of tailed double-stranded DNA viruses belonging to the order Caudovirales

著者 (5件)： Low Soo Jen (Australian Centre for Ecogenomics, School of Chemistry and Molecular Biosciences, The University of Queensland, Brisbane, Queensland, Australia) ,  Dzunkova Maria (Australian Centre for Ecogenomics, School of Chemistry and Molecular Biosciences, The University of Queensland, Brisbane, Queensland, Australia) ,  Chaumeil Pierre-Alain (Australian Centre for Ecogenomics, School of Chemistry and Molecular Biosciences, The University of Queensland, Brisbane, Queensland, Australia) ,  Parks Donovan H. (Australian Centre for Ecogenomics, School of Chemistry and Molecular Biosciences, The University of Queensland, Brisbane, Queensland, Australia) ,  Hugenholtz Philip (Australian Centre for Ecogenomics, School of Chemistry and Molecular Biosciences, The University of Queensland, Brisbane, Queensland, Australia)
資料名： Nature Microbiology  (Nature Microbiology)
巻： 4  号： 8  ページ： 1306-1315  発行年： 2019年 
JST資料番号： W4779A  ISSN： 2058-5276  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 細菌と古細菌のウイルスは,宿主進化の駆動者と同様に世界的な炭素循環において重要な役割を果たしているが,ウイルスの分類学的分類は,それらの遺伝的多様性と普遍的に保存された遺伝子の欠如のために難問として残っている。従来の分類アプローチは,メタゲノムを通してのバルクウイルスゲノム回復の時代において,もはやスケーラブルでない表現型と遺伝的情報の組合せを採用する。ここでは,最大尤度法を用いた77の単一コピー蛋白質マーカーの連結からの系統発生を推測することにより,Caudoviralesからの尾状二本鎖DNAウイルスの分類のための系統発生的アプローチを評価した。著者らのアプローチは,サブファミリーと属レベルでそれぞれ72と89%の一致を伴って,ウイルスの分類に関する国際委員会と大いに一致している。不一致は誤分類に起因し,少数の高度モザイク属が系統発生シグナルを混乱させた。また,連結した蛋白質ツリーにおける信頼性のある分解ノードは異なるソフトウェアとモデルを通して高度に再現性があり,このアプローチはほとんどの尾部二本鎖DNAウイルスのランク正規化分類の枠組みとして役立つことを示した。77の単一コピーマーカー遺伝子の連結セットに基づく系統発生分析は,大きなデータセットから尾部二本鎖DNAウイルスの分類を可能にし,ソフトウェアとモデルを通して再現性があり,他のウイルスに適用できる枠組みを提供した。Copyright The Author(s), under exclusive licence to Springer Nature Limited 2019 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 最尤法 ,  細菌 ,  遺伝 ,  遺伝子 ,  *タンパク質 ,  表現型 ,  系統発生 ,  モザイク性 ,  ソフトウェア ,  炭素循環 ,  正規化 ,  古細菌
準シソーラス用語： 系統解析 ,  *二本鎖DNA ,  メタゲノム , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： ウイルスの形態学,分類学  (EG04020U) ,  ウイルス学一般  (EG04010J)

タイトルに関連する用語 (7件)： 尾 ,  二本鎖DNA ,  ウイルス ,  分類 ,  蛋白質 ,  系統学 ,  評価