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J-GLOBAL ID：202002242367025050   整理番号：20A2777587

超好熱性Thermotoga maritima由来の低温ショック蛋白質TmCspのRNAとDNA結合エピトープ【JST・京大機械翻訳】

RNA and DNA Binding Epitopes of the Cold Shock Protein TmCsp from the Hyperthermophile Thermotoga maritima

著者 (4件)： von Konig Konstanze (Institut fuer Biophysik und Physikalische Biochemie, Universitaet Regensburg, Regensburg, Germany) ,  Kachel Norman (Institut fuer Biophysik und Physikalische Biochemie, Universitaet Regensburg, Regensburg, Germany) ,  Kalbitzer Hans Robert (Institut fuer Biophysik und Physikalische Biochemie, Universitaet Regensburg, Regensburg, Germany) ,  Kremer Werner (Institut fuer Biophysik und Physikalische Biochemie, Universitaet Regensburg, Regensburg, Germany)
資料名： Protein Journal  (Protein Journal)
巻： 39  号： 5  ページ： 487-500  発行年： 2020年 
JST資料番号： A1024A  ISSN： 1572-3887  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 原核生物寒冷ショック蛋白質(CSPs)は,おそらく転写抗ターミネーターおよび「RNAシャペロン」として作用することにより,遺伝子発現の転写および翻訳調節において重要な役割を果たすと考えられている。それらは一本鎖核酸に対する高い親和性と結合する。ここでは,ヘテロ核2D NMR分光法を用いて,一本鎖DNAとRNAの両方に対するThermotoga maritima由来のTmCspの結合エピトープを報告する。TmCsp(≧343K)の「生理的」成長温度において,調べたすべてのオリゴヌクレオチドは,トリプトファン蛍光消光によって決定されたように,1.6((dT)_7)と25.2((dA)_7)μMの間の解離定数を有した。温度の303Kへの還元は,それぞれ4.0および10.8nMの解離定数を有するチミジル酸(dT)_7およびウリジル酸(rU)_7七量体に対する親和性の顕著な増加をもたらし,一方,TmCspのシチジル酸,アデニル酸およびグアニル酸ヘプタマー(dC)_7,(dA)_7および(dT)_7への弱い結合は温度によってほとんど影響を受けなかった。約3桁の(dT)_7と(rU)_7に対するTmCspの親和性の変化は,それが細胞のコールドショック反応にスイッチするコールドチョックセンサを表すことを示した。この作用には蛋白質の温度依存立体配座スイッチが必要である。ssDNAとRNAヘプタマーのTmCsp上の結合エピトープは非常に類似し,β鎖1と2,ループβ1-β2,β4とβ5とβ4とを連結するループである。ループ領域の他に,驚くべきことに,主にRNA結合モチーフRNP1は,ssDNAとRNA結合に関与し,一方,仮定されたRNA結合モチーフRNP2の2つのアミノ酸,H28とW29は,ナノモル範囲の高親和性が達成されるが,ウリジル酸とチミジル酸ホモヌクレオチドと相互作用する。これは,RNP1およびRNP2が結合に関与する,他のCSPまたは寒冷ショックドメインの結合性質と対照的である。TmCspは,RNP2の末端で通常高度に保存されたフェニルアラニンまたはチロシン残基の代わりにトリプトファン残基を持つ唯一の1つであるので,ユニークな位置を占める。NMR滴定は,(dT)_7も(rU)_7も完全な結合モチーフを示さず,これらのオリゴヌクレオチドへのW29の非最適インターカレーションはDNAまたはRNAへのRNP2部位の接近をブロックすることを示唆する。(dA)_7によるNMR実験は,アデニン環とW29の相互作用を示唆する。完全な結合は,核酸のチミン-またはウラシル-リッチ伸長内に,少なくとも1つの単一プリン塩基を十分配置する必要と思われた。Copyright The Author(s) 2020 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： NMR【磁気共鳴】 ,  相互作用 ,  立体配座 ,  アミノ酸 ,  *DNA【核酸】 ,  *RNA【核酸】 ,  *タンパク質 ,  温度依存性 ,  オリゴヌクレオチド ,  親和性 ,  遺伝子発現 ,  *エピトープ ,  解離定数 ,  窒素複素環化合物 ,  芳香族縮合化合物 ,  第一アミン
準シソーラス用語： *Thermotoga maritima , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (9件)： 寒冷ショック蛋白質 ,  TmCsp ,  Thermotoga maritima ,  一本鎖DNA ,  一本鎖RNA ,  蛋白質/ssDNA複合体 ,  蛋白質/RNA複合体 ,  NMR分光法 ,  温度センシング

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  微生物の生化学  (EG03020N)

物質索引 (1件)： トリプトファン

タイトルに関連する用語 (5件)： 好熱性 ,  低温ショック蛋白質 ,  RNA ,  DNA結合 ,  エピトープ