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J-GLOBAL ID：202002242408182187   整理番号：20A1410205

freud:粒子シミュレーションデータの高スループット分析のためのソフトウェアスイート【JST・京大機械翻訳】

freud: A software suite for high throughput analysis of particle simulation data

著者 (9件)： Ramasubramani Vyas (Department of Chemical Engineering, University of Michigan, Ann Arbor, MI 48109, United States of America) ,  Dice Bradley D. (Department of Physics, University of Michigan, Ann Arbor, MI 48109, United States of America) ,  Harper Eric S. (Department of Materials Science and Engineering, University of Michigan, Ann Arbor, MI 48109, United States of America) ,  Spellings Matthew P. (Department of Chemical Engineering, University of Michigan, Ann Arbor, MI 48109, United States of America) ,  Anderson Joshua A. (Department of Chemical Engineering, University of Michigan, Ann Arbor, MI 48109, United States of America) ,  Glotzer Sharon C. (Department of Chemical Engineering, University of Michigan, Ann Arbor, MI 48109, United States of America) ,  Glotzer Sharon C. (Department of Physics, University of Michigan, Ann Arbor, MI 48109, United States of America) ,  Glotzer Sharon C. (Department of Materials Science and Engineering, University of Michigan, Ann Arbor, MI 48109, United States of America) ,  Glotzer Sharon C. (Biointerfaces Institute, University of Michigan, Ann Arbor, MI 48109, United States of America)
資料名： Computer Physics Communications  (Computer Physics Communications)
巻： 254  ページ： Null  発行年： 2020年 
JST資料番号： E0081C  ISSN： 0010-4655  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： フレッドPythonパッケージは,シミュレーションデータを解析するためのライブラリである。現代のシミュレーションとデータ分析ワークフローを念頭に置いて,フレーズは,ラップトップ,ワークステーション,およびスーパーコンピューティングクラスタ上で効率的に走る高速並列化C++ルーチンにPythonインタフェイスを提供する。パッケージは,周期的システムにおける粒子近傍を見つけるためのコアツールを提供し,これらのツールを用いて実装された多様な方法に対して均一なAPIを提供する。このようなように,フレッドユーザは,動径分布関数や,より新しい,より特殊な方法,例えば,平均力やトルクのポテンシャルや,等の容易さによる局所結晶環境解析などの標準法にアクセスすることができる。それ自身の軌道データ構造を提供するよりむしろ,周波数は,NumPyアレイ上で,または他のPythonパッケージによって提供される軌道データ構造に直接動作する。この設計は,他の軌道管理ツールのファイル構文解析能力を活用することによって,多くの軌道ファイルフォーマットと透明にインタフェイスすることを可能にする。データソースに対する残留診断により,元のデータ表現やシミュレーション法に関係なく,任意の粒子シミュレーションを解析するのに適している。HOOMD-青色のような記述可能なシミュレーションソフトウェアと組み合わせたオンザフライ解析に用いるとき,周波数はシステムの電流状態に適応するスマートシミュレーションを可能にし,ユーザは核形成や成長のような現象の研究を可能にする。プログラムTitle:Freud Program Fils Dori:http://dx.doi.org/10.17632/v7wmv9xcct.1 Licensing Project:BSD 3-Claus Program Project:Python,C++自然問題:粗視化,ナノスケール,およびコロイド粒子系のシミュレーションは,特定のシステムに特化した解析を必要とする。相関関数,次数パラメータ,およびクラスタリングを含むより標準化された技法は,現代のシミュレーションで共通する大規模システムにスケールするために注意深く実行しなければならない計算集約的タスクである。解法:周波数は広範囲の粒子システム分析を実行し,NumPyアレイ入力と出力による計算分子科学における多くの他のツールとインタフェイスするPython APIを提供した。フレーズにおけるアルゴリズムは,大規模システムにスケールするためにC++を並列化し,実時間解析を可能にする。ライブラリーの広範な特徴は,他の解析パッケージと比較して少数の仮定を符号化し,生体分子シミュレーションからコロイド実験までのより広いクラスのデータの分析を可能にした。制約と異常な特徴を含む追加コメントは,RDFと相関関数のような標準分析法の非常に速い並列実装を提供する。2.周波数は平均力とトルク(PMFT)のポテンシャルに対する参照実装を含む。3.周波数は,機械学習に有用な記述子の計算を含む,粒子環境を特性化するための様々な新しい方法を提供する。Copyright 2020 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： モンテカルロ法 ,  アルゴリズム ,  *シミュレーション ,  相関関数 ,  電流 ,  計算機シミュレーション ,  標準化 ,  トルク ,  コロイド ,  大規模系 ,  分子動力学 ,  C++言語 ,  機械学習 ,  ワークフロー
準シソーラス用語： 生体分子 ,  Python , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： シミュレーション解析 ,  分子動力学 ,  モンテカルロ ,  計算材料科学

分類 (4件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  計算機システム開発  (JD02010R) ,  遺伝学研究法  (EC01020N) ,  計算機ソフトウエア一般  (JD01010K)

タイトルに関連する用語 (3件)： 粒子シミュレーション ,  高スループット ,  分析