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J-GLOBAL ID：202002242887189551   整理番号：20A0796105

南アフリカ,Cape Province北部におけるBacillus anthracis分離株の系統ゲノム構造は新規一塩基多型を明らかにした【JST・京大機械翻訳】

Phylogenomic structure of Bacillus anthracis isolates in the Northern Cape Province, South Africa revealed novel single nucleotide polymorphisms

著者 (9件)： Lekota Kgaugelo Edward (University of Pretoria, Faculty of Veterinary Science, Department of Veterinary Tropical diseases, Onderstepoort 0110, South Africa) ,  Lekota Kgaugelo Edward (Agricultural Research Council-Onderstepoort Veterinary Institute, Bacteriology section, Onderstepoort 0110, South Africa) ,  Lekota Kgaugelo Edward (Agricultural Research Council, Biotechnology Platform, Onderstepoort 0110, South Africa) ,  Lekota Kgaugelo Edward (College of Agriculture and Environmental Sciences, University of South Africa, Florida campus, Florida 1710, South Africa) ,  Hassim Ayesha (University of Pretoria, Faculty of Veterinary Science, Department of Veterinary Tropical diseases, Onderstepoort 0110, South Africa) ,  Madoroba Evelyn (Agricultural Research Council-Onderstepoort Veterinary Institute, Bacteriology section, Onderstepoort 0110, South Africa) ,  Hefer Charles A. (Agricultural Research Council, Biotechnology Platform, Onderstepoort 0110, South Africa) ,  Hefer Charles A. (University of Pretoria, Faculty of Natural and Agricultural Sciences, Department of Biochemistry, Genetics and Microbiology, Centre for Bioinformatics and Computational Biology, Pretoria 0001, South Africa) ,  van Heerden Henriette (University of Pretoria, Faculty of Veterinary Science, Department of Veterinary Tropical diseases, Onderstepoort 0110, South Africa)
資料名： Infection, Genetics and Evolution  (Infection, Genetics and Evolution)
巻： 80  ページ： Null  発行年： 2020年 
JST資料番号： A1228A  ISSN： 1567-1348  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 炭疽菌の病原菌であるBacillus anthracisは,標準的な分子技術を用いて低い遺伝的多様性を示す高度に単形の病原体と見なされている。全ゲノム配列決定と単一ヌクレオチド多型(SNP)はB.anthracisのサブタイピングのための決定的な特徴である。本研究では,南アフリカの北部ケープ州(NCP)の歴史的に固有の地域におけるB.anthracisの遺伝的多様性を調べるために,全ゲノム一塩基多型(wgSNP)分析を用いた。1998年から2008年にかけてNCPにおいて1998年と2008年の間に発生した炭そ病の発生からの26の分離株と,Namibia-南アフリカの転換層保存地域とBotswanaを世界的なB.anthracisゲノムと比較した。ほとんどのNCP B.anthracis株(n=22)はA.Br.003/004(A.Br.101)枝にクラスター化し,ZimbabeとMozambime株(A.Br.102枝)に密接に関連している。全部で4923の節約情報-SNPが正確にA.Br.003/004系統発生的関係を確立した。2つの異なるサブクレードとA.Br.172とA.Br.173と指定されたSNPマーカーに対する系統発生的関係を開発した。他のNCP株(n=2)はA.Br.001/002(Sterne)枝にグループ分けされたが,Namibia-南アフリカからの株(n=2)はA.Br.005/006(Ancient A)枝にクラスター化した。A.Br.064(V770)クレードにクラスター化された配列化B.anthracis株(A0094,A0096およびA0097)はVaalbos国立公園から分離され,類似株は分離されていない。B.anthracis A0088株は,NCP,南アフリカで分離されたA.Br.003/004(A.Br.172)SNP枝においてNCP株とクラスターを形成する。本研究は,方法論的追跡と新規SNP発見目的に重要な特異的SNP分枝を持つNCP B.anthracis株の系統発生構造を強調する。配列決定された株は,NCP,南アフリカ,および大陸におけるB.anthracisの発生をさらに追跡する手段として,また世界規模での法医学的追跡のための手段として役立つであろう。Copyright 2020 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 臭素 ,  系統発生 ,  クラスタ化 ,  *ゲノム ,  *炭疽菌 ,  クラスタ ,  大陸 ,  病原体 ,  法医学 ,  国立公園 ,  *一塩基多型
準シソーラス用語： ゲノム配列 ,  クレード ,  遺伝多様性 ,  *分離株 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 炭そ菌 ,  全ゲノム配列決定(WGS) ,  一塩基多型(SNPs) ,  全ゲノム一塩基多型(WGSNP)

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  微生物検査法  (EG02020G)

タイトルに関連する用語 (7件)： 南アフリカ ,  CAPE ,  Bacillus ,  分離株 ,  系統 ,  ゲノム構造 ,  一塩基多型