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J-GLOBAL ID：202002243010078604   整理番号：20A2535272

医療関連感染伝播経路を解明する次世代シーケンス技術の利用【JST・京大機械翻訳】

Harnessing Next-Generation Sequence Technology to Elucidate Healthcare-Associated Infection Transmission Pathways

著者 (10件)： Gable Paige (Division of Healthcare Quality Promotion, Centers for Disease Control and Prevention) ,  McAllister Gillian (Division of Healthcare Quality Promotion, Centers for Disease Control and Prevention) ,  Sula Erisa (Oak Ridge Associated Universities, Oak Ridge, Tennessee) ,  Rankin Danielle A. (Florida Department of Health, Orange County, Florida) ,  Breaker Erin (Division of Healthcare Quality Promotion, Centers for Disease Control and Prevention) ,  Daniels Jonathan (Division of Healthcare Quality Promotion, Centers for Disease Control and Prevention) ,  Chan Monica Y. (Oak Ridge Associated Universities, Oak Ridge, Tennessee) ,  Dotson Nychie (Florida Department of Health, Orange County, Florida) ,  Walters Maroya (Division of Healthcare Quality Promotion, Centers for Disease Control and Prevention) ,  Halpin Alison Laufer (Division of Healthcare Quality Promotion, Centers for Disease Control and Prevention)
資料名： Infection Control and Hospital Epidemiology  (Infection Control and Hospital Epidemiology)
巻： 41  号： S1  ページ： s66  発行年： 2020年 
JST資料番号： A1617A  ISSN： 0899-823X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:カルバペネム耐性腸内細菌科(CRE)は,医療環境,特に,患者がリスクを課す廃水貯水池で持続する多剤耐性細菌である。カルバペネマーゼ産生(CP)CREの健康管理関連発生は,カルバペネマーゼ遺伝子を持つ単一細菌株および/または移動性遺伝要素(MGEs)を介して伝播できる。染色体コードカルバペネマーゼとは異なり,CP-MGEsは,細菌株にわたるこれらカルバペネマーゼ遺伝子の拡散を迅速に促進する。2017年7月から2018年12月まで,オレンジ郡のフロリダ州保健省は,Klebsiella pneumoniaeカルバペネマーゼ遺伝子(blaKPC)を運ぶCP-CREの様々な細菌属でコロニー化された患者の流行を調査し,潜在的MGEリザーバーを示した。WGSは,従来の試験が提供するものを超えて,伝達経路とリンクケースを同定するために実行した。方法:高品質,完全ゲノムおよびプラスミド集合を達成するために,短および長読取プラットフォーム(MiSeq,PacBio,MinION)上のWGSに対するblaKPC-harboring分離株のサブセットを選択した。臨床検査,臨床および疫学的データを,可能な伝染イベント,共通源および一般的なMGEsを同定するために組み合わせた。【結果】5属(Citrobacter,Enterobacter,Klebsiella,Morganella,ProvidenciaおよびSerratia)からの11の臨床分離株および薬局および投薬室,ICUおよび患者室から収集し,4つの属(Citrobacter,Enterobacter,KlebsiellaおよびSerratia)から成る10の環境分離株がWGSを受けた。短読取WGSは近縁株の付加的サブセットを明らかにしたが,高ゲノム多様性はいくつかの種内でも観察された:Citrobacter freundii:13,483単一ヌクレオチド変異体(SNV),67%コアゲノム;Enterobacter spp:3-18,563SNV;34%;およびK.pneumoniae:8~18,460SNVs,80%。長リードハイブリッドアセンブリを用いたさらなる分析は,2つのユニークなblaKPC-harboringプラスミドを明らかにした。第1のプラスミド,pDHQP20145-KPC3(50kb)はblaKPC-3遺伝子を含み,5つの配列決定された属の3つにわたって患者および環境分離株の両方で検出された。第2のプラスミド,pDHQP201745-KPC2(180kb)はblaKPC-2遺伝子を含み,患者および環境の両方から分離した2つのCP-CRE属で見出され,薬剤室シンク排水からの分離株および複合経口薬を投与した患者を含んだ。結論:WGSはpDHQP20145-KPC3を含む2つのblaKPC-harboringプラスミドを同定したが,これは患者および環境から分離したCP-CREの3属にわたって見出され,この施設におけるKPC産生CREの長期間の伝達およびCP-MGE駆動伝達を支持した。新興で,潜在的に移動性で,抗菌剤耐性の急速な拡大は,無差MGEsのゲノム環境をさらに探求する必要がある。WGSはパルスフィールドゲル電気泳動(PFGE)のような従来のサブタイピング法を超える感染制御に寄与し,MGEsは伝達の重要な駆動者をますます代表している。Funding:Nodiscloss:誰もなかった。Please refer to the publisher for the copyright holders. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 廃水 ,  細菌 ,  遺伝子 ,  抗細菌薬 ,  ゲノム ,  *プラスミド ,  Klebsiella ,  Serratia ,  Citrobacter ,  肺炎桿菌 ,  Enterobacter ,  疫学 ,  多剤耐性
準シソーラス用語： カルバペネマーゼ ,  分離株 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 感染症・寄生虫症一般  (GD01010H)

タイトルに関連する用語 (4件)： 医療関連感染 ,  伝播経路 ,  次世代 ,  シーケンス