UTRペプチド同定へのプロテオゲノミクス的アプローチ【JST・京大機械翻訳】

Choi Seunghyuk; Ju Shinyeong; Ju Shinyeong; Lee Jinwon; Na Seungjin; Lee Cheolju; Lee Cheolju; Lee Cheolju; Paek Eunok

文献

J-GLOBAL ID：202002243608259813 整理番号：20A0138731

UTRペプチド同定へのプロテオゲノミクス的アプローチ【JST・京大機械翻訳】

Proteogenomic Approach to UTR Peptide Identification

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資料名：
巻： 19 号： 1 ページ： 212-220 発行年： 2020年
JST資料番号： A1632A ISSN： 1535-3893 CODEN： JPROBS 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

最近の配列決定技術は,翻訳された産物が細胞で存続するかどうかは不明であるが,ゲノムにおける非翻訳領域(UTR)の翻訳を強調している。ここでは,ペプチドスペクトルマッチングに必要な対応配列の欠如により困難なプロテオームレベルでのUTR同定へのプロテオゲノム手法を提案した。翻訳されたUTR(tUTR)データベースを構築することによる挑戦に取り組んだ。それは,近同族開始コドンにおける非AUG開始と終止コドン読み取りを仮定することにより,UTRから翻訳できるすべての仮想配列から成る。H1299細胞系質量分析(MS/MS)データセットの分析において,tUTR DBに基づくプロテオゲノム法は,それぞれ45及び9遺伝子から525′-UTR及び93′-UTRペプチドの検出を可能にした。同定されたUTRペプチドは,それらの合成ペプチドとの高いスペクトル類似性を介して検証された。5′-UTRペプチドは非AUG開始コドンを持つ代替開始部位を指摘し,それは注釈開始部位のKozak状況に正確に適合した。また,著者らのアプローチは翻訳されたアミノ酸配列を検出することができ,UTR翻訳の証拠を提供することができるが,リボソームプロファイリングは翻訳証拠のみを提供することが注目されている。以前に報告されたMDH1遺伝子における終止コドン読み取りについて,読み取り中に挿入されたアミノ酸を確認することができた。データは,識別子PXD016207によるProteomeX変化を介して利用可能である。Copyright 2020 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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遺伝子発現

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