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J-GLOBAL ID：202002244367569266   整理番号：20A1356203

MinionおよびIlluminaシーケンサーによる中国におけるヒトアデノウイルスサブタイプ21aの最初の同定【JST・京大機械翻訳】

First Identification of Human Adenovirus Subtype 21a in China With MinION and Illumina Sequencers

著者 (11件)： Ye Fuqiang (Department of Disease Control and Prevention, Center for Disease Control and Prevention of Eastern Theater Command, Nanjing, China) ,  Han Yifang (Department of Disease Control and Prevention, Center for Disease Control and Prevention of Eastern Theater Command, Nanjing, China) ,  Zhu Juanjuan (School of Life Science and Technology, China Pharmaceutical University, Nanjing, China) ,  Li Peng (Center for Infectious Disease Control, Center for Disease Control and Prevention of People’s Liberation Army of China, Beijing, China) ,  Zhang Qi (Department of Disease Control and Prevention, Center for Disease Control and Prevention of Eastern Theater Command, Nanjing, China) ,  Lin Yanfeng (Center for Infectious Disease Control, Center for Disease Control and Prevention of People’s Liberation Army of China, Beijing, China) ,  Wang Taiwu (Department of Disease Control and Prevention, Center for Disease Control and Prevention of Eastern Theater Command, Nanjing, China) ,  Lv Heng (Department of Disease Control and Prevention, Center for Disease Control and Prevention of Eastern Theater Command, Nanjing, China) ,  Wang Changjun (Center for Infectious Disease Control, Center for Disease Control and Prevention of People’s Liberation Army of China, Beijing, China) ,  Wang Chunhui (Department of Disease Control and Prevention, Center for Disease Control and Prevention of Eastern Theater Command, Nanjing, China) ,  Zhang Jinhai (Department of Disease Control and Prevention, Center for Disease Control and Prevention of Eastern Theater Command, Nanjing, China)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 11  ページ： 285  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ヒトアデノウイルス(HAdV)は,子供と成人の間で疾患の多様性を引き起こすことが示されている。ヒトアデノウイルス21型(HAdV21)の循環は,いくつかの国で閉鎖環境内で主に報告されている。それにもかかわらず,HAdV21による呼吸器感染症または発生は中国では報告されていない。MinIONとIlluminaプラットフォームを用いて,スロートスワブからの潜在的病原体を同定した。MinIONとIllumina配列決定間の不一致を検証し,ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)により補正した。ゲノム特性化と組換え事象検出を行った。35,466の高品質MinION読み取りの中で,合計5,999の読み取り(16.91%)がHAdV21参照ゲノム(ゲノムサイズ≒35.3kb)に配列され,そのうち20は>30kbの長さを有した。MinION読み取りから組み立てられたゲノム配列をHAdVサブタイプ21aとしてさらに分類した。ランダムダウンサンプリングは500ナノポア読取りが現在のゲノムの≧96.49%をカバーすることを示した。Illumina配列決定は,MinION配列決定と良好な整合性(ペアワイズヌクレオチド同一性=99.91%)を示したが,さらに検証され,サンガー配列決定と組み合わせたPCRにより確認された。BamHIおよびKpnIのような制限酵素は,HAdV21プロトタイプおよびHAdV21bから現在のゲノムを区別することができた。全ゲノム配列を用いた系統発生解析は,サブタイプ21aのみからメンバーにゲノムを配置した。HAdV21a株間の共通特徴を,ペントンと100kDaヘキソン集合関連蛋白質で発見された多型とE4遺伝子における組換え事象を含めて同定した。MinIONとIllumina配列を用いて,著者らは中国から最初のHAdV21a株を同定し,それは疾患制御と疫学的調査のための重要なゲノムデータを提供することができた。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝子 ,  タンパク質 ,  系統発生 ,  ゲノム ,  子供 ,  病原体 ,  *ヒトアデノウイルス ,  呼吸器感染症 ,  DNA制限酵素 ,  PCR法
準シソーラス用語： 疫学研究 ,  ナノ細孔 ,  ダウンサンプリング ,  ゲノム配列 ,  スワブ , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： ヒトアデノウイルスサブタイプ21a ,  アデノウイルス感染症 ,  病原体検出 ,  Minion配列決定 ,  イルミネーションシークエンシング

分類 (5件)： ウイルスの生化学  (EG04030F) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  ウイルスの形態学,分類学  (EG04020U) ,  微生物検査法  (EG02020G) ,  感染症・寄生虫症一般  (GD01010H)

引用文献 (55件)：

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• Bankevich A., Nurk S., Antipov D., Gurevich A. A., Dvorkin M., Kulikov A. S., et al (2012). SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing. J. Comput. Biol. 19 455-477. doi: 10.1089/cmb.2012.0021
• Barnadas C., Schmidt D. J., Fischer T. K., Fonager J. (2018). Molecular epidemiology of human adenovirus infections in Denmark, 2011-2016. J. Clin. Virol, 104 16-22. doi: 10.1016/j.jcv.2018.04.012
• Barrero P. R., Valinotto L. E., Tittarelli E., Mistchenko A. S. (2012). Molecular typing of adenoviruses in pediatric respiratory infections in Buenos Aires, Argentina (1999-2010). J. Clin. Virol. 53 145-150. doi: 10.1016/j.jcv.2011.11.001
• Bautista-Gogel J., Madsen C. M., Lu X., Sakthivel S. K., Froh I., Kamau E., et al (2019). Outbreak of respiratory illness associated with human adenovirus type 7 among persons attending officer candidates school, Quantico, Virginia, 2017. J. Infect. Dis. 221 697-700. doi: 10.1093/infdis/jiz060

タイトルに関連する用語 (3件)： シーケンサー ,  中国 ,  同定