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J-GLOBAL ID：202002244421471034   整理番号：20A0745163

相対表現分類ツリー 予備的GPUベース実装【JST・京大機械翻訳】

Relative Expression Classification Tree. A Preliminary GPU-Based Implementation

著者 (3件)： Czajkowski Marcin (Faculty of Computer Science, Bialystok University of Technology, Bialystok, Poland) ,  Jurczuk Krzysztof (Faculty of Computer Science, Bialystok University of Technology, Bialystok, Poland) ,  Kretowski Marek (Faculty of Computer Science, Bialystok University of Technology, Bialystok, Poland)
資料名： Lecture Notes in Computer Science  (Lecture Notes in Computer Science)
巻： 12043  ページ： 359-369  発行年： 2020年 
JST資料番号： H0078D  ISSN： 0302-9743  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ハイスループット技術から発生する膨大な量のオミクスデータは,生物学的分析における計算ツールの必要性を増加させた。アルゴリズムの中で,特に価値があるのは,ヒトの健康と遺伝的疾患の理解を高めることである。相対的発現分析(RXA)は,ゲノムデータを分析するための計算法の強力な収集である。それは,それらの発現値の相対的規則化に焦点を合わせることにより,小グループの遺伝子における関係を見出す。本論文では,遺伝子のサブグループ間の付加的な階層的接続を見出すことにより,RXA解の主要な変種を拡張する相対的な表現分類木(RXCT)を提案した。膨大な計算要求を満たすために,グラフィック処理ユニット(GPU)ベース並列化を設計し,実装した。GPUは,局所的に最適な分割を見つけるために,決定木の各内部ノードにおける遺伝子群の並列探索を実行するために使用される。8つの癌関連遺伝子発現データセットについて行った実験は,提案したアプローチがより大きな解空間の探索と遺伝子間のより正確な相互作用の発見を可能にすることを示した。重要なことに,予測構造におけるパターンは分かりやすく,直接適用性を持つ可能性がある。Copyright Springer Nature Switzerland AG 2020 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝子 ,  ディシジョンツリー ,  相互作用 ,  アルゴリズム ,  *遺伝 ,  ゲノム ,  適応性
準シソーラス用語： 遺伝子発現データ ,  遺伝子クラスタ ,  GPU【プロセッサ】 ,  分類木 ,  ヒトの健康 ,  オミックス ,  ハイスループット , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 相対的発現解析(RXA) ,  ディシジョンツリー ,  GPU ,  CUDA

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (4件)： 表現 ,  分類 ,  GPU ,  実装