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J-GLOBAL ID：202002244496963649   整理番号：20A1038957

マイクロアレイ遺伝子発現データからの異なる共発現遺伝子を検出するための共分散しきい値処理【JST・京大機械翻訳】

Covariance thresholding to detect differentially co-expressed genes from microarray gene expression data

著者 (3件)： Oh Mingyu (Department of Statistics, Pusan National University, Busan, 46241, Korea) ,  Kim Kipoong (Department of Statistics, Pusan National University, Busan, 46241, Korea) ,  Sun Hokeun (Department of Statistics, Pusan National University, Busan, 46241, Korea)
資料名： Journal of Bioinformatics and Computational Biology  (Journal of Bioinformatics and Computational Biology)
巻： 18  号： 1  ページ： 2050002  発行年： 2020年 
JST資料番号： A1491A  ISSN： 0219-7200  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： シンガポール (SGP)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 遺伝子セット分析は,2つの実験条件の間の生物学的経路内で差別的に発現または共発現された遺伝子を同定することを目的とし,それは最終的に生物学的プロセスと疾患発生に関与する経路を明らかにすることができる。過去数十年において,遺伝子セット解析の統計的パワーを改善するために,様々な統計的および計算的方法が提案されている。近年,それらが2つの条件間の平均発現レベルにおける有意差なしで潜在的に疾患関連遺伝子である可能性があるので,多くの注意が差別的に共発現された遺伝子に払われている。本論文では,マイクロアレイ遺伝子発現データから差別的に共発現した遺伝子を同定するための新しい統計的方法を提案した。提案した方法は,最初に,閾値化による共分散正則化を用いて対遺伝子の共発現レベルを推定し,次に,2つの条件の間の共分散推定における差異の重要性を評価した。提案した方法は,広範なシミュレーション研究を通して共発現した遺伝子を検出するために,既存の主流法よりも強力であることを実証した。また,それを変異体p53転写活性,上皮および間質乳癌に関連する種々のマイクロアレイ遺伝子発現データセットに適用した。Copyright 2020 World Scientific Publishing Company All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： シミュレーション ,  *遺伝子 ,  間質組織 ,  上皮 ,  統計的方法 ,  *共分散 ,  正則化 ,  乳房腫瘍 ,  p53タンパク質
準シソーラス用語： *共発現 ,  転写活性 ,  *マイクロアレイ遺伝子発現 ,  共分散推定 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 共発現遺伝子 ,  共分散推定 ,  ハードしきい値処理 ,  マイクロアレイ遺伝子発現データ

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (5件)： マイクロアレイ遺伝子発現 ,  共発現 ,  遺伝子 ,  共分散 ,  しきい値処理