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J-GLOBAL ID：202002244659703923   整理番号：20A0200718

系統ゲノムデータによるEmpriaハバチ(膜翅類,ハバチ科)における交差汚染と強い核不一致【JST・京大機械翻訳】

Cross-contamination and strong mitonuclear discordance in Empria sawflies (Hymenoptera, Tenthredinidae) in the light of phylogenomic data

著者 (4件)： Prous Marko (Senckenberg Deutsches Entomologisches Institut, Eberswalder Strasse 90, 15374 Muencheberg, Germany) ,  Prous Marko (Department of Zoology, Institute of Ecology and Earth Sciences, University of Tartu, Vanemuise 46, 51014 Tartu, Estonia) ,  Lee Kyung Min (Ecology and Genetics Research Unit, University of Oulu, PO Box 3000, FI-90014, University of Oulu, Finland) ,  Mutanen Marko (Ecology and Genetics Research Unit, University of Oulu, PO Box 3000, FI-90014, University of Oulu, Finland)
資料名： Molecular Phylogenetics and Evolution  (Molecular Phylogenetics and Evolution)
巻： 143  ページ： Null  発行年： 2020年 
JST資料番号： W1678A  ISSN： 1055-7903  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： いくつかのsawバエ分類群において,形態に基づく種の帰属を支持する核遺伝子を有する強い核不一致が観察されているが,ミトコンドリアCOI遺伝子のバーコード領域は異なる関係を示唆する。以前の研究は少数の核遺伝子のみに基づいていたので,核不一致の原因と程度は曖昧なままである。ここでは,ミトコンドリアCOIのSanger配列および2つの3つの核蛋白質コード遺伝子と一緒にゲノム規模のddRADデータを得て,2つの近縁種グループにおける種限界および核不一致を調べた。核ITSとミトコンドリアCOI配列に基づいて以前に見出されたように,種はここで報告された新しい核データに基づく単系統性として支持されるが,ミトコンドリアCOIに基づいていない。この核不一致は,ゆっくり進化するミトコンドリアゲノムを有する半数体二倍体分類群において共通している可能性のあるパターンである,核遺伝子の流れがほとんどないかまたは全くない場合によって説明できる。ミトコンドリアまたは核データのいずれかに従って,E.immersaグループのいくつかの種は単系統として回収されないが,これは部分的に未解決の分類のためである。ddRADデータの予備解析は,E.longicornis群(3つのSanger配列化核遺伝子が強く支持された核遺伝子)内のE.japonicaの単系統性を回復しなかったが,データとさらなるSanger配列決定のより近い試験は,両試料が実質的に交差汚染されていることを示唆した。これまでの研究において,配列化された読み取りの最大2.5%に影響を及ぼすことが示されている。著者らは,標本間の同一遺伝子座のパターンを調べるためにRスクリプトを提供し,交差汚染率は,全体として,著者らのddRADデータセットに対して異常に高くないことを推定した。両E.japonica試料に対する高い交差汚染率は,ほとんどの他の試料と比較して少数の回収された遺伝子座(~1000)によって説明される可能性がある。著者らは,密接に関連した標本が配列決定前にプールされ,限られた数のタグ(標本数より少ない)のユニークな組み合わせを用いて両端でのみ標識された時に,予想外の生物学的結論を引き出すことに注意を払った。Copyright 2020 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ミトコンドリア ,  遺伝子 ,  膜翅類 ,  *ハバチ科 ,  核データ ,  核タンパク質 ,  バーコード ,  曖昧さ ,  半数体 ,  *ゲノム ,  二倍体
準シソーラス用語： ミトコンドリアゲノム ,  近縁種 ,  細胞核遺伝子 ,  分類群 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： COIバーコード化 ,  DDRADシークエンシング ,  DNAバーコード共有 ,  系統ゲノミクス ,  種の模倣

分類 (1件)： 進化論一般  (EC03010Q)

タイトルに関連する用語 (7件)： 系統 ,  ゲノム ,  ハバチ ,  膜翅類 ,  ハバチ科 ,  交差汚染 ,  核