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J-GLOBAL ID：202002245258459732   整理番号：20A1584740

巨枝葉緑体ゲノムコドン選好性分析【JST・京大機械翻訳】

Analysis of codon bias of chloroplast genome in Eucalyptus grandis

著者 (6件)： Wang Pengliang (广西優良用材林資源培育重点実験室,广西壮族自治区林業科学研究院,南寧530002;广西北部湾海洋生物多様性養護重点実験室,北部湾大学,广西欽州535011) ,  Wu Shuangcheng (广西北部湾海洋生物多様性養護重点実験室,北部湾大学,广西欽州535011) ,  Yang Liping (欽州市植物生物技術重点実験室,广西欽州市林業科学研究所,广西欽州535099) ,  Wang Huayu (广西北部湾海洋生物多様性養護重点実験室,北部湾大学,广西欽州535011) ,  Chen Naiming (欽州市植物生物技術重点実験室,广西欽州市林業科学研究所,广西欽州535099) ,  Zhang Zhaoyuan (广西優良用材林資源培育重点実験室,广西壮族自治区林業科学研究院,南寧530002)
資料名： Guangxi Zhiwu  (Guangxi Zhiwu)
巻： 39  号： 12  ページ： 1583-1592  発行年： 2019年 
JST資料番号： C2429A  ISSN： 1000-3142  CODEN： GUZHEI  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 本論文では、巨大ユーカリの葉緑体ゲノム配列に対して、そのうち300ntより長く、AUGを開始コドンとする43の非重複遺伝子を研究対象とし、CodonW1.4.2ソフトウェアを用いて、オオユーカリ葉緑体ゲノムのコドン使用嗜好性を分析した。結果は以下を示した。第3位コドンの平均GC含量は27.97%であった。ENCの変化範囲は39.4961.00であり,平均は47.04であった。RSCU>1のコドンは31個あり、そのうち29個はA/Uで終わった。中性分析は,GC12がGC3と有意に相関しないことを示した。回帰分析は有意水準に達しなかった。ENC-plot分析では、大部分の遺伝子は曲線上または付近に落ちていることが分かった。対応解析は第1軸の寄与率が17.68%、第2軸の寄与率が11.49%、第3軸、第4軸の寄与率はそれぞれ8.00%と5.76%であり、前4軸累積寄与率は42.93%に達し、第1軸はGC、ENC、CAIと極めて著しい相関を示した。上記分析結果により、オオユーカリの葉緑体ゲノムのコドン選好が弱く、コドン第3位の選好がAまたはUで終わり、選択と突然変異がオオユーカリ葉緑体ゲノムコドンの選好において比較的均衡的な作用を果し、最終的にUUG、CUU、GUU、UCC、UCA、ACA、CUUU、CUU、UUAU、UAA、CAU、AGAとGGA12の高周波高発現コドンは最適なコドンである。これは葉緑体遺伝子コドンの最適化を転化し、発現の効率を向上させ、ユーカリの標的性状を改良するための堅実な基礎を築いた。Data from Wanfang. Translated by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 最適化 ,  回帰分析 ,  遺伝子 ,  *コドン ,  突然変異 ,  HF【周波数】 ,  嗜好性 ,  ユーカリ ,  ソフトウェア ,  釣合 ,  一軸 ,  二軸 ,  葉緑体遺伝子 ,  開始コドン
準シソーラス用語： GC含量 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 植物生理学一般  (EH02010Y) ,  植物の生化学  (EH01050J)

タイトルに関連する用語 (5件)： 枝 ,  葉緑体ゲノム ,  コドン ,  選好性 ,  分析