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J-GLOBAL ID：202002245448070514   整理番号：20A1328313

統合解析は活性結核の診断バイオマーカーとしてのhsa circ0028883を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Integrated analyses reveal hsa_circ_0028883 as a diagnostic biomarker in active tuberculosis

著者 (10件)： Zhang Xiaolin (Department of Respirology, Shanghai Public Health Clinical Center, Fudan University, Shanghai 201508, China) ,  Zhang Qian (School of Biotechnology, East China University of Science and Technology, Shanghai 200237, China) ,  Wu Qingguo (Department of Respirology, Shanghai Public Health Clinical Center, Fudan University, Shanghai 201508, China) ,  Tang Haicheng (Department of Respirology, Shanghai Public Health Clinical Center, Fudan University, Shanghai 201508, China) ,  Ye Linxiong (School of Biotechnology, East China University of Science and Technology, Shanghai 200237, China) ,  Zhang Qilong (Department of Critical Care Medicine, Jiangxi Chest Hospital, Nanchang 330006, China) ,  Hua Demi (Department of Tuberculosis, The Third People’s Hospital of Tibet Autonomous Region, Lhasa 850000, China) ,  Zhang Yunbin (Department of Respirology, Shanghai Public Health Clinical Center, Fudan University, Shanghai 201508, China) ,  Zhang Yunbin (Shanghai Institute of Biochemistry and Cell Biology, Chinese Academy of Sciences, University of Chinese Academy of Sciences, Shanghai 200031, China) ,  Li Feng (Department of Respirology, Shanghai Public Health Clinical Center, Fudan University, Shanghai 201508, China)
資料名： Infection, Genetics and Evolution  (Infection, Genetics and Evolution)
巻： 83  ページ： Null  発行年： 2020年 
JST資料番号： A1228A  ISSN： 1567-1348  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 円形RNA(circRNA)は様々な疾患進行に密接に関与することが知られている。それにもかかわらず,結核(TB)におけるそれらの機能および根底にあるメカニズムはほとんど不明である。本研究の目的はTBにおける潜在的診断値を調査することであった。遺伝子発現Omnibus(GEO)データベースから,サーコRNA(GSE117563およびGSE106953),マイクロRNA(miRNA,データセットGSE29190)およびmRNA(GSE54992)の遺伝子発現データセットをダウンロードした。競合する内因性RNA(ceRNA)ネットワークをサーコRNA-miRNA-mRNA潜在的相互作用に基づいて構築した。また,Cytohubbaを用いてサーコRNA-miRNA-hub遺伝子調節モジュールを構築した。遺伝子オントロジー(GO)および遺伝子およびゲノム(KEGG)経路分析の京都エンシクロペディアを用いて,それらの生物学的機能を予測した。更なる検証により,hsa_circ0028883とhsa-miR-409-5pの発現レベルを,20の活性TB患者と20人の健康なドナーでqRT-PCRによって検出した。次に,受信者動作特性(ROC)を,hsa_circ0028883.1の差次的発現サーコRNA(DE-circRNA),1つの差次的発現miRNA(DE-miRNA)の診断値を評価するために構築し,そして,44の差次的発現mRNA(DE-mRNA)を,TBにおけるceRNAネットワークの構築のために選択した。循環RNA-miRNA-hub遺伝子(mRNA)サブネットワークを,1DE-サーコRNA,1DE-miRNAおよび8DE-mRNAに基づいて構築した。Hsa_circ0028883/hsa-miR-409-5p/mRNA相互作用は,活性TBに対するいくつかの新しい機構を提供する可能性がある。GOおよびKEGG経路分析は,TBとhsa_circ0028883の可能性のある機能を示した。ROC分析は,hsa_circ0028883がTB診断に対する潜在的価値を有することを明らかにした。Hsa_circ0028883は活性TBを診断するための潜在的に信頼できるバイオマーカーであるが,TBにおける機構をさらに研究する必要がある。Copyright 2020 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 相互作用 ,  データベース ,  ネットワーク ,  RNA【核酸】 ,  mRNA ,  遺伝子 ,  *結核 ,  遺伝的調節 ,  遺伝子発現 ,  *バイオマーカー
準シソーラス用語： マイクロRNA ,  遺伝子オントロジー ,  KEGG ,  差次的遺伝子発現 ,  環状RNA , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 結核 ,  CircRNA ,  CeRNA ,  バイオマーカー

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (6件)： 統合解析 ,  活性 ,  結核 ,  診断 ,  バイオマーカー ,  HSA