抄録/ポイント：
抄録/ポイント
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嚢胞性線維症(CF)気道ミクロビオームのABSTRACT培養非依存性研究は,典型的には,低気道の微生物構成を評価するために,喀痰に頼っている。これらの研究は豊富な細菌群集を明らかにした。喀痰で観察される分類群と唾液中に観察されるそれらの間には,しばしばかなりの重複があり,低い気道微生物叢を示すサンプルとして,期待喀痰の信頼性に関する疑問を提起する。これらの懸念は,CFの10人から喀痰と唾液サンプルの対を比較する事を促した。16S rRNA遺伝子配列決定および液滴デジタルPCR(ddPCR)を用いて,同じ日に同じ人からそれぞれ採取した喀痰および唾液試料の37対を分析した。喀痰から唾液が寄与したDNA読み取り画分を喀痰から除去するためのin silicoポストシーケンシング除染法を開発した。サンプルタイプ間のコミュニティメンバーシップにおいてしばしばサイズ可能な重複が存在するが,予想喀痰は唾液と比較して典型的に高い細菌負荷とより少ない多様性コミュニティを含むことを示した。喀痰と唾液の間の多様性の違いは,喀痰における優勢分類群の相対的豊度の増加のため,進行した疾患段階でより顕著であった。in silicoでの喀痰の唾液汚染をモデル化する努力は,汚染読み取りの除去後の群集構造に対して一般的に小さな影響を明らかにした。喀痰と唾液試料の間に観察された分類群におけるかなりの重複にもかかわらず,予想喀痰を用いたCFにおける低気道細菌群集組成の測定に対する唾液汚染の影響は最小であるように見える。IMPORTANCE Cystic線維症は慢性呼吸器感染症と進行性肺疾患を特徴とする遺伝性疾患である。嚢胞性線維症肺微生物学の研究は,低気道に存在する微生物叢を反映するための喀痰にしばしば頼っている。しかし,収集中の口腔咽頭を介した喀痰の通過は,試料への唾液中に存在する微生物に寄与し,結果の解釈を混乱させた。培養非依存性DNA配列決定に基づく分析を用い,著者らは,in silicoで「脱汚染」喀痰のモデルを生成するために,喀痰と唾液試料の対における細菌群集を特性化した。著者らの結果は,喀痰痰の唾液汚染は,ほとんどの喀痰試料に大きな効果を持たず,高い細菌多様性の観察は,嚢胞性線維症下気道に存在する分類群を正確に反映することを示した。Please refer to the publisher for the copyright holders. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】
