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J-GLOBAL ID：202002246962354083   整理番号：20A0745853

特徴選択によるサブネットワーク分析を用いた結腸直腸癌におけるバイオマーカー同定【JST・京大機械翻訳】

Biomarker Identification in Colorectal Cancer Using Subnetwork Analysis with Feature Selection

著者 (3件)： Kozuevanich Sivakorn (Department of Chemical Engineering, King Mongkut’s University of Technology Thonburi, Bangkok, Thailand) ,  Meechai Asawin (Department of Chemical Engineering, King Mongkut’s University of Technology Thonburi, Bangkok, Thailand) ,  Chan Jonathan H. (School of Information Technology, King Mongkut’s University of Technology Thonburi, Bangkok, Thailand)
資料名： Advances in Intelligent Systems and Computing  (Advances in Intelligent Systems and Computing)
巻： 1149  ページ： 119-127  発行年： 2020年 
JST資料番号： W5075A  ISSN： 2194-5357  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 遺伝子サブネットワークに基づく特徴選択(GSNFS)は,遺伝子発現,遺伝子セットおよびネットワークデータの統合解析による遺伝子サブネットワークバイオマーカー同定のための,症例対照および多クラス研究を扱うための効率的な方法である。しかし,GSNFSはかなり高い数のサブネットワークを生成し,各サブネットワークの重要性を評価していない。最近,著者らは2つの特徴選択技術を組み込んだ。GSNFSワークフローへの相関ベースと情報獲得は,数を減らし,個々のサブネットワークの重要性を評価するのを助ける。拡張GSNFS法は,肺癌における良好な候補遺伝子サブネットワークマーカーを同定することを明確に示した。本研究では,結腸直腸癌に類似のワークフローを適用した。最初に,トップおよびボトム5ランク付け遺伝子セットを選択し,分類性能を調査した。同様に,トップランクの遺伝子セットは,ボトムランクの遺伝子セットより良い性能を示した。TNF-β及びMAPKシグナル伝達経路のような同定されたトップランク遺伝子セットは癌に関連することが知られている。さらに,トップ同定経路ネットワークの特性をさらに分析し,可視化した。多くの研究によって癌に関連すると報告された遺伝子,Smad3は,4つのデータセットにおいて最も高い近隣を有することがほとんど見出された。本研究における結果は,特徴選択と組み合わせたGSNFSが,分類器を構築するために必要とされる有意に少ないサブネットワークとして非常に有望であり,完全なデータセット分類器に匹敵する性能を与えることを確認した。Copyright The Editor(s) (if applicable) and The Author(s), under exclusive license to Springer Nature Switzerland AG 2020 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *バイオマーカー ,  遺伝子発現 ,  等級づけ ,  可視化 ,  大腸腫瘍 ,  *ネットワーク ,  情報収集 ,  *特徴選択 ,  肺腫瘍 ,  遺伝子 ,  ワークフロー
準シソーラス用語： 候補遺伝子 ,  *結腸直腸癌 ,  *サブネットワーク , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 遺伝子発現解析 ,  遺伝子セット ,  分類 ,  大腸癌 ,  相関に基づく特徴選択 ,  情報利得特徴選択

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (6件)： 特徴選択 ,  サブ ,  ネットワーク分析 ,  結腸直腸癌 ,  バイオマーカー ,  同定