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J-GLOBAL ID：202002247202232650   整理番号：20A2512544

蛋白質-蛋白質界面を標的とする可能性のある環状ペプチド結合剤の迅速in silico設計【JST・京大機械翻訳】

Rapid in silico Design of Potential Cyclic Peptide Binders Targeting Protein-Protein Interfaces

著者 (2件)： Santini Brianda L. (Physics Department T38, Technical University of Munich, Garching, Germany) ,  Zacharias Martin (Physics Department T38, Technical University of Munich, Garching, Germany)
資料名： Frontiers in Chemistry (Web)  (Frontiers in Chemistry (Web))
巻： 8  ページ： 573259  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7065A  ISSN： 2296-2646  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質-蛋白質相互作用の特異的阻害剤の合理的設計は,細胞シグナル伝達を制御する薬物設計だけでなく,蛋白質-蛋白質相互作用ネットワークを研究するためにも望ましい。蛋白質-蛋白質複合体の界面の所望の領域に潜在的に結合する環状ペプチドを合理的に設計するための迅速計算法を開発した。この方法は,環状ペプチド骨格構造の収集と蛋白質-蛋白質界面での短いペプチドセグメント(エピトープ)の蛋白質骨格構造の比較に基づく。セグメントの骨格構造に整合する環状ペプチドを,標的錯体中に見出される側鎖にアミノ酸側鎖を適応させることにより,バインダのテンプレートとして用いた。既知の高分解能構造を有する環状ペプチドの小ライブラリーに対して,154の蛋白質-蛋白質複合体の大多数(λ≧82%)が,蛋白質-蛋白質界面セグメントに対する環状ペプチド鋳型に対して少なくとも1つの非常に良く適合した。構築した蛋白質-環状ペプチド複合体の大多数は分子動力学シミュレーション中に非常に安定であり,典型的なペプチド-蛋白質複合体の相互作用スコアと比較して典型的により好ましい相互作用エネルギースコアを示した。cPEPmatch法は,実験的に試験され,化学修飾によってさらに改善された環状ペプチド結合材料の迅速な示唆のための有望なアプローチである。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *界面 ,  相互作用 ,  計算機シミュレーション ,  ネットワーク ,  アミノ酸 ,  *ペプチド ,  *タンパク質 ,  *シクロペプチド ,  ドラッグデザイン ,  側鎖 ,  エピトープ ,  細胞情報伝達 ,  タンパク質複合体
準シソーラス用語： *in silico ,  蛋白質間相互作用 ,  分子動力学シミュレーション , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 蛋白質-蛋白質複合体 ,  蛋白質相互作用阻害 ,  蛋白質結合調節 ,  シクロペプチド設計 ,  シクロペプチドによるドラッグデザイン ,  合理的シクロペプチド結合剤

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

引用文献 (43件)：

• ArkinM. R.TangY.WellsJ. A. (2014). Small-molecule inhibitors of protein-protein interactions: progressing toward the reality. Chem. Biol. 21, 1102-1114. doi: 10.1016/j.chembiol.2014.09.00125237857
• BahadurR. P.ZachariasM. (2008). The interface of protein-protein complexes: analysis of contacts and prediction of interactions. Cell. Mol. Life Sci. 65, 1059-1072. doi: 10.1007/s00018-007-7451-x18080088
• CaseD. A.CheathamT. E.DardenT.GohlkeH.LuoR.MerzK. M.. (2005). The Amber biomolecular simulation programs. J. Comput. Chem. 26, 1668-1688. doi: 10.1002/jcc.2029016200636
• CheY. (2019). “Design of cyclic peptides as protein recognition motifs,” in Cyclic Peptide Design, ed GoetzG. (New York, NY: Springer), 97-106. doi: 10.1007/978-1-4939-9504-2_6
• ChenF.LiuH.SunH.PanP.LiY.LiD.. (2016). Assessing the performance of the MM/PBSA and MM/GBSA methods. 6. Capability to predict protein-protein binding free energies and re-rank binding poses generated by protein-protein docking. Phys. Chem. Chem. Phys. 18, 22129-22139. doi: 10.1039/C6CP03670H27444142

タイトルに関連する用語 (7件)： 蛋白質 ,  界面 ,  標的 ,  可能性 ,  環状ペプチド ,  結合剤 ,  設計