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J-GLOBAL ID：202002248336941158   整理番号：20A1689022

マルチラテラルバイオインフォマティクス解析はRNA結合蛋白質SFPQの機能指向標的特異性と認識を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Multilateral Bioinformatics Analyses Reveal the Function-Oriented Target Specificities and Recognition of the RNA-Binding Protein SFPQ

著者 (3件)： Iida Kei (Medical Research Support Center, Kyoto University, Graduate School of Medicine, Kyoto University, Konoecho Yoshida Sakyo-ku, Kyoto 606-8501, Japan) ,  Hagiwara Masatoshi (Department of Anatomy and Developmental Biology, Graduate School of Medicine, Kyoto University, Konoecho Yoshida Sakyo-ku, Kyoto 606-8501, Japan) ,  Takeuchi Akihide (Department of Anatomy and Developmental Biology, Graduate School of Medicine, Kyoto University, Konoecho Yoshida Sakyo-ku, Kyoto 606-8501, Japan)
資料名： iScience  (iScience)
巻： 23  号： 7  ページ： Null  発行年： 2020年 
JST資料番号： W5512A  ISSN： 2589-0042  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： RNA結合蛋白質(RBP)はコンセンサス配列を認識し,特異的標的mRNAを調節する。しかし,大規模なCLIP-seqは,発現mRNAのより大きな割合へのRBPsの緩くて広い結合を明らかにした:例えばSFPQは>10,000のプレmRNAに結合するが,ニューロン発生の間に<200の標的遺伝子を明確に調節する。標的認識の調節および規則に対する重要な結合の同定は,RBP調節の全身理解に対し非常に予想されている。ブレークスルー解のために,反復仮説試験を採用することによってCLIP-seqとトランスクリプトームデータのための生物情報学的方法を開発した。必須の結合は長いイントロンの5′スプライス部位に近いCリッチ配列でうまく同定され,これはスプライスソーム集合中のSFPQとスプライシング因子の間の関連を介した標的認識機構をさらに提案した。機能的結合の同定された特徴は,異なる種におけるレギュロンと標的遺伝子の予測を可能にした。この多面的バイオインフォマティクスアプローチは,RBPsの機能性,調節機構および調節ネットワークの解明を促進する。Copyright 2020 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ニューロン ,  mRNA ,  仮説検定 ,  物体認識 ,  イントロン ,  レギュロン ,  スプライシング因子 ,  トランスクリプトーム ,  *RNA結合タンパク質
準シソーラス用語： コンセンサス配列 ,  *バイオインフォマティクス ,  標的遺伝子 ,  特異性 ,  遺伝子調節ネットワーク ,  スプライス部位 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： 構造生物学 ,  蛋白質構造的側面 ,  生物情報学

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  生物学的機能  (EB03040U)

タイトルに関連する用語 (4件)： 解析 ,  RNA結合蛋白質 ,  標的 ,  特異性