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J-GLOBAL ID：202002248458492627   整理番号：20A2659812

Astyanax lacustris肝臓のトランスクリプトームのde novo集合とアノテーションは環境ストレスに対する応答をモニターする【JST・京大機械翻訳】

De novo assembly and annotation of the transcriptome of Astyanax lacustris liver unveil candidate genes to monitor response to environmental stress

著者 (4件)： Gnocchi Karla Giavarini (Universidade Vila Velha - UVV, Laboratorio de Ictiologia Aplicada, Avenida Comissario Jose Dantas de Melo n° 21, Boa Vista, 29102-770 Vila Velha, ES, Brazil) ,  Boldrini-Franca Johara (Universidade Vila Velha - UVV, Laboratorio de Ictiologia Aplicada, Avenida Comissario Jose Dantas de Melo n° 21, Boa Vista, 29102-770 Vila Velha, ES, Brazil) ,  Gomes Levy Carvalho (Universidade Vila Velha - UVV, Laboratorio de Ictiologia Aplicada, Avenida Comissario Jose Dantas de Melo n° 21, Boa Vista, 29102-770 Vila Velha, ES, Brazil) ,  Chippari-Gomes Adriana Regina (Universidade Vila Velha - UVV, Laboratorio de Ictiologia Aplicada, Avenida Comissario Jose Dantas de Melo n° 21, Boa Vista, 29102-770 Vila Velha, ES, Brazil)
資料名： Marine Genomics  (Marine Genomics)
巻： 54  ページ： Null  発行年： 2020年 
JST資料番号： W3299A  ISSN： 1874-7787  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Astyanax lacustrisは,南アメリカで小河川,湖および河川に生息する淡水チャー酸魚種である。これらの魚は野生で豊富であり,捕獲に高度に適応し,生態毒性研究の良いモデルと考えられている。それにもかかわらず,バイオマーカー同定のための遺伝子発現プロファイルを評価するために,感受性分子生物学技術を採用するより包括的な調査での使用を妨げる,公共データベースに利用可能な欠点遺伝子配列情報のみが存在する。本研究では,この魚種に利用可能な遺伝子配列データを改善する目的で,A.lacustris肝臓の最初のde novoトランスクリプトームを報告する。Illumina配列決定は79,102,610の生読を発生し,62,041,259の高品質転写物で濾過した。de novo集合は,それぞれ,909.12と1046.50bpの平均長の93,888のユニジーンと120,674のアイソフォームをもたらした。60,495のアイソフォーム(50.13%)を7つのデータベースに対して機能的に注釈付けし,すべてのイソ型の約46%の相同性質問を検索した。従って,本研究では,A.lacustrisの環境ストレスと汚染に関連する関連遺伝子の情報を提供し,この魚種をモデルとして将来の生態毒性研究と他の分子研究を可能にする。Copyright 2020 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： データベース ,  河川 ,  遺伝子 ,  チャー ,  分子生物学 ,  南アメリカ ,  小河川 ,  相同性 ,  バイオマーカー ,  *アノテーション ,  *トランスクリプトーム
準シソーラス用語： 生態毒性 ,  *環境ストレス ,  アイソフォーム ,  遺伝子配列 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 魚類 ,  環境モニタリング ,  RNAseq ,  分子署名

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (8件)： Astyanax ,  肝臓 ,  トランスクリプトーム ,  集合 ,  アノテーション ,  環境ストレス ,  応答 ,  モニター