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J-GLOBAL ID：202002248596502846   整理番号：20A2082236

分子潜在空間シミュレータ【JST・京大機械翻訳】

Molecular latent space simulators

著者 (3件)： Sidky Hythem (Pritzker School of Molecular Engineering, University of Chicago, Chicago, USA. [e-mail]) ,  Chen Wei ,  Ferguson Andrew L.
資料名： Chemical Science (Web)  (Chemical Science (Web))
巻： 11  号： 35  ページ： 9459-9467  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7042A  ISSN： 2041-6539  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 小さな積分時間ステップは分子動力学(MD)シミュレーションをミリ秒時間スケールに制限する。Markov状態モデル(MSM)と方程式フリー手法は,状態空間の立体配置的あるいは動的粗粒化を実行することにより,MDシミュレーションデータから低次元速度モデルを学習する。学習された動力学モデルはMDによりアクセスできるよりも非常に長い時間スケールにわたる動的軌跡の効率的な生成を可能にするが,立体配置空間の離散化と分子配置を再構成する手段の欠如は連続原子分子軌跡の生成を除外する。(i)分子系の遅い集団変数を学習し,(ii)この遅い潜在空間内のシステムダイナミックスを伝播し,(iii)分子構成を,(iii)属的に再構成する,(i)分子系の遅い集団変数を学習する,連続原子論的シミュレーション軌跡に対する運動モデルを学習するための潜在空間シミュレータ(LSS)を提案した。MDよりも6桁低いコストで原子論的分子構造,熱力学,および動力学を正確に再現する新しい超長合成折畳み軌跡を生産するためのTrp-ケージミニ蛋白質への応用におけるアプローチを示した。軌道生成の劇的に低い費用は,推定熱力学平均と速度におけるサンプリングを大きく改善し,統計的不確実性を大きく低減した。Copyright 2020 Royal Society of Chemistry All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： シミュレーション ,  熱力学 ,  分子構造 ,  計算機シミュレーション ,  *シミュレータ ,  不確実性 ,  タンパク質 ,  折畳み ,  システムダイナミックス ,  分子系 ,  分子動力学
準シソーラス用語： 離散化 ,  分子動力学シミュレーション ,  動力学モデル ,  運動モデル ,  粗粒化 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (3件)： 原子・分子のクラスタ  (BH09030O) ,  分子の電子構造  (BH05010Q) ,  反応速度論・触媒一般  (CB06010G)

タイトルに関連する用語 (2件)： 分子 ,  シミュレータ