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J-GLOBAL ID：202002249776183215   整理番号：20A2451870

コロナウイルス科のウイルスメンバーにおけるSSR発生率の解読【JST・京大機械翻訳】

Deciphering the SSR incidences across viral members of Coronaviridae family

著者 (11件)： Satyam Rohit (Department of Biotechnology, Noida Institute of Engineering and Technology (NIET), Greater Noida, India) ,  Jha Niraj Kumar (Department of Biotechnology, School of Engineering & Technology (SET), Sharda University, Greater Noida, 201310, India) ,  Kar Rohan (Indian Institute of Management Ahmedabad (IIMA), Gujarat, 380015, India) ,  Jha Saurabh Kumar (Department of Biotechnology, School of Engineering & Technology (SET), Sharda University, Greater Noida, 201310, India) ,  Sharma Ankur (Department of Life Science, School of Basic Science & Research, Sharda University, Greater Noida, 201310, India) ,  Kumar Dhruv (Amity Institute of Molecular Medicine and Stem Cell Research (AIMMSCR), Amity University Uttar Pradesh, Noida, 201313, India) ,  Nand Parma (Department of Biotechnology, School of Engineering & Technology (SET), Sharda University, Greater Noida, 201310, India) ,  Ruokolainen Janne (Department of Applied Physics, Aalto University, Espoo, Finland) ,  Kesari Kavindra Kumar (Department of Applied Physics, Aalto University, Espoo, Finland) ,  Kamal Mohammad Amjad (King Fahd Medical Research Center, King Abdulaziz University, P. O. Box 80216, Jeddah, 21589, Saudi Arabia) ,  Kamal Mohammad Amjad (Enzymoics, Novel Global Community Educational Foundation, 7 Peterlee Place, Hebersham, NSW, 2770, Australia)
資料名： Chemico-Biological Interactions  (Chemico-Biological Interactions)
巻： 331  ページ： Null  発行年： 2020年 
JST資料番号： H0058B  ISSN： 0009-2797  CODEN： CBINA  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 遺伝子および遺伝子間領域の両者における単純配列反復(SSR)の存在は真核生物,原核生物およびウイルスにおいて広く研究されている。本研究では,Coronaviridaeメンバーの多重ゲノムにおけるマイクロサテライトまたはSSRの頻度と分布を解析する調査を行った。55の参照ゲノム大多数にわたって長さ≧12bpの919のSSRを同定し,その多く(838のSSR)が遺伝子領域に豊富であった。in-silico分析は,他のサイズに基づくモチーフクラスよりも六量体SSRの優先存在量をさらに同定した。ゲノムのゲノムサイズとGC含有量は,SSR頻度と密度に弱い影響を持つことを,著者らの解析は示した。しかし,SSRs GC含有量のゲノムGC含量との正の相関を見出した。また,Coronaviridaeのすべてのゲノムにおいて,全ての理論的に可能な501反復モチーフクラスの比較的低い存在量を報告する。SSRの大部分はATリッチであった。全体として,Coronaviridaeのゲノムを横断してSSRを過小表現する。さらに,著者らの統合的研究は,SARS-CoV-2のORF1ab(nsp3,nsp4,nsp5A3CLproおよびnsp5B3CLpro,nsp6,nsp10,nsp12,nsp13,およびnsp15ドメイン),S,ORF3a,ORF7a,N&3′UTR領域におけるSSRの存在を明らかにし,複数の変異(3′UTRおよびORF1ab SSRsを主要な変異ホットスポットとして供給する)を,明らかにしたものである。”その研究”は,SARS-CoV-2のS,ORF3a,ORF7a,N&3′UTR領域,S,ORF3a,ORF7a,N&3′UTR領域である。これは,遺伝子SSRが,読み取り枠を変化させ,同時に迅速な蛋白質進化に関与する変異に対する選択圧力下にあることを示す。著者らの予備的結果は,CoronaviridaeのゲノムにおけるSSRの限られたレパートリーの重要性を示した。Copyright 2020 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝子 ,  突然変異 ,  ゲノム ,  多重化 ,  真核生物 ,  原核生物 ,  *コロナウイルス科 ,  ホットスポット ,  マイクロサテライト
準シソーラス用語： *コロナウイルス ,  重症急性呼吸器症候群 ,  オープンリーディングフレーム ,  ドメイン構造 ,  GC含量 ,  ゲノムサイズ , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 単純配列反復(SSR) ,  コロナウイルス ,  SARS-CoV-2 ,  進化 ,  突然変異

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (6件)： コロナウイルス科 ,  ウイルス ,  メンバー ,  SSR ,  発生率 ,  解読