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J-GLOBAL ID：202002250009241958   整理番号：20A0024136

組換え型日和見病原菌Mycobacterium aviumの疫学的マーカーとしての組換え-寒冷領域【JST・京大機械翻訳】

The recombination-cold region as an epidemiological marker of recombinogenic opportunistic pathogen Mycobacterium avium

著者 (4件)： Yano Hirokazu (Graduate School of Life Sciences, Tohoku University, Sendai, Japan) ,  Suzuki Haruo (Faculty of Environment and Information Studies, Keio University, Fujisawa, Japan) ,  Maruyama Fumito (Office of Industry-Academia-Government and Community Collaboration, Hiroshima University, Hiroshima, Japan) ,  Iwamoto Tomotada (Department of Infectious Diseases, Kobe Institute of Health, Kobe, Japan)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 20  号： 1  ページ： 1-11  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 系統の迅速な同定は,組換え病原体の臨床分離株の遺伝子タイピングにおける課題のままである。Mycobacterium avium複合体(MAC)肺疾患の一つであるMycobacterium avium subsp.hominissus(MAH)の染色体はしばしばモザイクであり,異なる系統に由来する染色体セグメントから構成されている。これにより,単純な実験装置でMAH系統を推論することは困難になる。この困難を克服するために,ゲノムデータマイニングにより系統特異的対立遺伝子を含む染色体マーカー遺伝子を同定することを試みた。遺伝的集団構造解析,系統発生分析,および125のグローバルMAH分離株からのデータを用いた歴史的組換えの調査を行った。6つのMAH系統(EA1,EA2,SC1,SC2,SC3,SC4)を現在のデータセットで同定した。組換え-寒冷領域における1つのP-450遺伝子(遺伝子座_tag MAH_0788/MAV_0940)は,5つの系統を区別することができる複数の対立遺伝子を持つことがわかった。1つの付加的遺伝子から対立遺伝子型に関する情報を結合することによって,6つのMAH系統ならびに他のM.avium亜種は識別可能であった。116kbの組換え寒冷領域は挿入ホットスポットを含み,対立遺伝子変異体が以前に報告されている哺乳類細胞侵入蛋白質オペロンにより隣接されている。したがって,系統または系統特異的挿入の獲得は染色体における相同性破壊を導入し,それにより系統間組換えの可能性を減少させると推測した。新しく同定されたマーカー遺伝子の対立遺伝子型は,M.aviumの主要な系統を予測するために用いることができる。組換え寒冷領域における多対立遺伝子座を標的とする単一ヌクレオチド多型タイピングアプローチはMACの疫学研究を容易にし,モザイクゲノムを持つ可能性のある他の非結核性マイコバクテリアの同等の研究にも有用であると思われる。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 病原体 ,  ゲノム ,  遺伝子 ,  相同性 ,  タンパク質 ,  データマイニング ,  対立遺伝子 ,  染色体 ,  複合体 ,  ホットスポット ,  一塩基多型 ,  モザイク性 ,  *疫学 ,  *Mycobacterium avium ,  オペロン

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (60件)：

• Clin Chest Med; Epidemiology of human pulmonary infection with nontuberculous mycobacteria: a review; DR Prevots, TK Marras; 36; 2015; 13-34; 10.1016/j.ccm.2014.10.002; citation_id=CR1
• Emerg Infect Dis; Epidemiology of pulmonary nontuberculous mycobacterial disease, Japan(1); H Namkoong, A Kurashima, K Morimoto, Y Hoshino, N Hasegawa, M Ato, S Mitarai; 22; 2016; 1116-1117; 10.3201/eid2206.151086; citation_id=CR2
• MBio; Ecological analyses of Mycobacteria in showerhead biofilms and their relevance to human health; MJ Gebert, M Delgado-Baquerizo, AM Oliverio, TM Webster, LM Nichols, JR Honda, ED Chan, J Adjemian, RR Dunn, N Fierer; 9; 2018; e01614-e01618; 10.1128/mBio.01614-18; citation_id=CR3
• Clin Microbiol Rev; Mycobacterium avium in the postgenomic era; CY Turenne, R Wallace, MA Behr; 20; 2007; 205-229; 10.1128/CMR.00036-06; citation_id=CR4
• Front Med (Lausanne); Infection sources of a common non-tuberculous mycobacterial pathogen; Y Nishiuchi, T Iwamoto, F Maruyama; 4; 2017; 27; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (6件)： 組換え型 ,  病原菌 ,  Mycobacterium ,  疫学 ,  マーカー ,  組換え