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J-GLOBAL ID：202002253532004417   整理番号：20A2755686

コモンマーモセットゲノムのde novoゲノム集合の改善は配列データの一致性とマッピング率増加をもたらす【JST・京大機械翻訳】

An improved de novo genome assembly of the common marmoset genome yields improved contiguity and increased mapping rates of sequence data

著者 (11件)： Jayakumar Vasanthan (Department of Biosciences and Informatics, Keio University, Yokohama, Japan) ,  Ishii Hiromi (Department of Biosciences and Informatics, Keio University, Yokohama, Japan) ,  Seki Misato (Department of Biosciences and Informatics, Keio University, Yokohama, Japan) ,  Kumita Wakako (Department of Marmoset Biology and Medicine, Central Institute for Experimental Animals, Kawasaki, Japan) ,  Inoue Takashi (Department of Marmoset Biology and Medicine, Central Institute for Experimental Animals, Kawasaki, Japan) ,  Hase Sumitaka (Department of Biosciences and Informatics, Keio University, Yokohama, Japan) ,  Sato Kengo (Department of Biosciences and Informatics, Keio University, Yokohama, Japan) ,  Okano Hideyuki (Department of Physiology, Keio University School of Medicine, Tokyo, Japan) ,  Okano Hideyuki (Laboratory for Marmoset Neural Architecture, RIKEN Center for Brain Science, Saitama, Japan) ,  Sasaki Erika (Department of Marmoset Biology and Medicine, Central Institute for Experimental Animals, Kawasaki, Japan) ,  Sakakibara Yasubumi (Department of Biosciences and Informatics, Keio University, Yokohama, Japan)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 21  号： 3  ページ： 1-9  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： コモンマーモセット(Callithrix jacchus)は,最も研究された霊長類モデル生物の1つである。しかし,公共データベースで利用可能なマーモセットゲノムは高度に断片化され,配列ギャップで満たされ,マーモセットゲノミクスとトランスクリプトミクスに関連した研究進歩を妨げる。ここでは,既存のゲノム集合を改善し更新するため,単一分子,長リード配列データを用い,通常のマーモセットのほぼ完全なゲノムを報告する。アセンブリーは2.79Gbサイズで,コンティグN50長さ6.37Mbと染色体足場N50長さ143.91Mbで,現在まで最も連続的で高品質のマーモセットゲノムを示した。集合したゲノムの約90%は1Mbより長いコンティグで表され,以前に発表されたマーモセットゲノムよりも約104倍の改善があった。以前に発表されたゲノムからのギャップの98%以上が成功裏に満たされ,集合ゲノムに対するゲノムおよびトランスクリプトミクスデータのマッピング速度を改善した。まとめると,最新の高品質共通マーモセットゲノムアセンブリは,マーモセットゲノムアセンブリの以前のバージョンで様々なレベルで改善を提供する。これは,ゲノムおよびトランスクリプトミクス配列データに対してゲノムをより効率的に応用するために,霊長類ゲノムに関する研究者の働きを許す。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： データベース ,  染色体 ,  霊長類 ,  *ゲノム ,  類似性 ,  ゲノミクス ,  単一分子 ,  トランスクリプトーム解析 ,  コンティグ ,  高品質 ,  *コモンマーモセット ,  ゲノムアセンブリ ,  *マーモセット属 ,  哺乳類 ,  *サル
準シソーラス用語： *マーモセット , 【Automatic Indexing@JST】

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分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (53件)：

• Nature.; Generation of transgenic non-human primates with germline transmission; E Sasaki, H Suemizu, A Shimada, K Hanazawa, R Oiwa, M Kamioka; 459; 2009; 523-527; 10.1038/nature08090; citation_id=CR1
• Semin Fetal Neonatal Med; The common marmoset as a novel animal model system for biomedical and neuroscience research applications; H Okano, K Hikishima, A Iriki, E Sasaki; 17; 2012; 336-340; 10.1016/j.siny.2012.07.002; citation_id=CR2
• Dev Growth Differ; Common marmoset as a new model animal for neuroscience research and genome editing technology; N Kishi, K Sato, E Sasaki, H Okano; 56; 2014; 53-62; 10.1111/dgd.12109; citation_id=CR3
• Neuron.; Brain/MINDS: a Japanese national brain project for marmoset neuroscience; H Okano, E Sasaki, T Yamamori, A Iriki, T Shimogori, Y Yamaguchi; 92; 2016; 582-590; 10.1016/j.neuron.2016.10.018; citation_id=CR4
• Stem Cells; Establishment of novel embryonic stem cell lines derived from the common marmoset (Callithrix jacchus); E Sasaki, K Hanazawa, R Kurita, A Akatsuka, T Yoshizaki, H Ishii; 23; 2005; 1304-1313; 10.1634/stemcells.2004-0366; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (4件)： ゲノム ,  集合 ,  一致性 ,  マッピング