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J-GLOBAL ID：202002254975461399   整理番号：20A0772822

スペクトル木分析による多段質量分析を用いたグリカン分岐パターンの同定【JST・京大機械翻訳】

Identification of glycan branching patterns using multistage mass spectrometry with spectra tree analysis

著者 (26件)： Wang Hui (Key Laboratory of Intelligent Information Processing, Institute of Computing Technology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100190, China) ,  Wang Hui (University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China) ,  Zhang Jingwei (Key Laboratory of Intelligent Information Processing, Institute of Computing Technology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100190, China) ,  Zhang Jingwei (Department of Computer Science, Stony Brook University, Stony Brook, NY 11794, USA) ,  Dong Junchuan (Key Laboratory of Intelligent Information Processing, Institute of Computing Technology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100190, China) ,  Dong Junchuan (University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China) ,  Hou Meijie (Key Laboratory of Intelligent Information Processing, Institute of Computing Technology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100190, China) ,  Hou Meijie (University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China) ,  Pan Weiyi (Key Laboratory of Intelligent Information Processing, Institute of Computing Technology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100190, China) ,  Pan Weiyi (University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China) ,  Bu Dongbo (Key Laboratory of Intelligent Information Processing, Institute of Computing Technology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100190, China) ,  Bu Dongbo (University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China) ,  Zhou Jinyu (Institute of Biophysics, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China) ,  Zhou Jinyu (University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China) ,  Zhang Qi (Key Laboratory of Intelligent Information Processing, Institute of Computing Technology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100190, China) ,  Zhang Qi (University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China) ,  Wang Yaojun (Key Laboratory of Intelligent Information Processing, Institute of Computing Technology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100190, China) ,  Wang Yaojun (College of Information and Electrical Engineering, China Agricultural University, 100083,China) ,  Zhao Keli (Institute of Biophysics, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China) ,  Zhao Keli (University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China) ,  Li Yan (Institute of Biophysics, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China) ,  Li Yan (University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China) ,  Huang Chuncui (Institute of Biophysics, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China) ,  Huang Chuncui (University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China) ,  Sun Shiwei (Key Laboratory of Intelligent Information Processing, Institute of Computing Technology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100190, China) ,  Sun Shiwei (University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China)
資料名： Journal of Proteomics  (Journal of Proteomics)
巻： 217  ページ： Null  発行年： 2020年 
JST資料番号： T0073A  ISSN： 1874-3919  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： グリカンは広範囲の生物学的プロセスにとって重要であり,それらの生物学的活性は構造の分岐パターンに密接に関連している。蛋白質の単純な直鎖とは異なり,グリカンの分岐パターンはより複雑であり,それらの同定を非常に困難にしている。タンデム質量分析(MS2)は,様々な生物情報学的ツールとアルゴリズムの支援によってさえも,グリカン分岐パターンを推論するための十分な構造情報を提供することができない。グリカン分岐パターンを同定する有望な技術は多段階質量分析(MS~n)である。グリカンのMS~nスペクトル間の生成-関係は本質的にツリーであり,MS~nスペクトルからグリカン構造を推定することが大きな課題である。本研究では,グリカン同定のためのMS~nスペクトルツリーに含まれる情報を完全に利用するために,グリブリッチ(スペクトルツリーに基づくグリカン分枝パターン同定)と呼ばれるアプローチを報告する。異性体配列を持つ2つの対を含む14のグリカン標準とRNアーゼBとIgGから分離した16の複合N-グリカンを用いて,分岐パターン分析へのグリブリッチの適用の成功を実証した。グリブランチのソースコードはhttps://github.com/bigict/glyBranch/で利用可能である。また,http://glycan.ict.ac.cn/glyBranch/で自由にアクセスできるWebサーバを開発した。グリカンは様々な生物学的プロセスにおいて重要であり,それらの機能はそれらの構造の詳細に密接に関連している。従って,グリカン分岐パターンの同定は生物学的研究に非常に重要である。多段階質量分析(MS~n)は,連続フラグメンテーションにより多重レベルフラグメントを生成することにより,詳細な構造情報を提供することができる。しかし,多数のMS~nスペクトルの解釈は非常に困難である。本研究では,グリカン同定のためのMS~nスペクトルツリーに含まれる情報を利用するために,グリブリッチ(スペクトルツリーに基づくグリカン分枝パターン同定)と呼ばれるアプローチを提示した。このアプローチは,グリカン構造の自動同定と関連する生物学的研究を大いに容易にする。Copyright 2020 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アルゴリズム ,  質量分析 ,  タンパク質 ,  免疫グロブリンG ,  *スペクトル ,  多重化 ,  フラグメンテーション ,  生物活性 ,  異性体 ,  タンデム質量分析
準シソーラス用語： バイオインフォマティクス ,  N-グリカン ,  パターン解析 ,  RNアーゼB ,  *グリカン , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 多段質量分析 ,  グリカン分岐パターン ,  グリカン同定 ,  スペクトルツリー ,  異性体グリカン

分類 (2件)： 糖質・糖鎖一般  (EB06010I) ,  分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (8件)： スペクトル ,  木 ,  分析 ,  多段 ,  質量分析 ,  グリカン ,  分岐 ,  同定