文献

J-GLOBAL ID：202002254994354497   整理番号：20A1187474

ブロック枝刈りを伴う複数GPUにおける巨大DNA配列の並列比較【JST・京大機械翻訳】

Parallel Comparison of Huge DNA Sequences in Multiple GPUs with Block Pruning

著者 (4件)： Figueiredo Marco (Univ. of Brasilia) ,  Sandes Edans (Univ. of Brasilia) ,  Teodoro George (Univ. Fed. de Minas Gerais) ,  Melo Alba C. M. A. (Univ. of Brasilia)
資料名： IEEE Conference Proceedings  (IEEE Conference Proceedings)
巻： 2020  号： PDP  ページ： 22-29  発行年： 2020年 
JST資料番号： W2441A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： シーケンス比較は,世界中で毎日,いくつかの生物情報科学応用において実行されるタスクである。最適結果を検索するアルゴリズムは二次時間複雑性を持ち,比較したシーケンスが長いときに膨大な量の計算電力を必要とする。実行時間を短縮するために,多くの並列解が文献で提案されている。それにもかかわらず,シーケンスのサイズに依存して,それらの並列解は時間または日を完全にする。剪定技術は,並列解の性能を著しく向上させることができ,配列比較応用のための剪定能力を提供するためのいくつかのアプローチが提案されている。本論文では,均一または不均一環境において,複数のGPUで実行するブロック剪定アプローチの変種を提案し評価した。2つのテストベッドにおけるDNA配列で得られた実験結果により,4つのGPUに対して694.8GCUPSの印象的性能を達成し,剪定により著しい性能利得が得られることを示した。Copyright 2020 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アルゴリズム ,  電力 ,  *利得
準シソーラス用語： バイオインフォマティクス ,  *DNA配列 ,  テストベッド ,  実行時間 ,  複雑性 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 図形・画像処理一般  (JE04010I)

タイトルに関連する用語 (3件)： 枝刈り ,  GPU ,  DNA配列