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J-GLOBAL ID：202002255697432955   整理番号：20A0973319

情報組合せを用いたシーケンス導出線形近傍伝搬法によるlncRNA-miRNA相互作用予測【JST・京大機械翻訳】

LncRNA-miRNA interaction prediction through sequence-derived linear neighborhood propagation method with information combination

著者 (4件)： Zhang Wen (College of informatics, Huazhong Agricultural University, Wuhan, China) ,  Tang Guifeng (School of Computer Science, Wuhan University, Wuhan, China) ,  Zhou Shuang (Department of Computer Science and Engineering, The Chinese University of Hong Kong, Hong Kong, China) ,  Niu Yanqing (School of Mathematics and Statistics, South-Central University for Nationalities, Wuhan, China)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 20  号： 11  ページ： 1-12  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 研究者は,lncRNAがmiRNAの挙動を調節するためにデコイまたはスポンジとして作用することができることを発見する。lncRNA-miRNA相互作用の同定は,lncRNAの機能,特に複雑な疾患におけるそれらの役割を理解するのに役立つ。計算法は,lncRNA-miRNA相互作用の同定において時間を節約し,コストを削減することができるが,わずかな計算法しかなかった。本論文では,lncRNA-miRNA相互作用を予測するための配列誘導線形近傍伝搬法(SLNPM)を提案した。最初に,既知のlncRNA-miRNA相互作用,lncRNA配列及びmiRNA配列を組み合わせることにより,統合されたlncRNA-lncRNA類似性及び統合miRNA-miRNA類似性を計算した。2つの類似性計算戦略,すなわち,類似性ベースの情報組合せ(SC)と相互作用プロファイルベースの情報組合せ(PC)を考察した。第二に,統合されたlncRNA類似性ベースのグラフと統合されたmiRNA類似性ベースのグラフをそれぞれ構築し,ラベル伝搬プロセスを2つのグラフに実装して,lncRNA-miRNAペアをスコア化した。最後に,それらの出力の加重平均を最終予測として採用した。したがって,著者らはSLNPMの2つの編集を構築する。類似性情報組合せ(SLNPM-SC)に基づく配列誘導線形近傍伝搬法と相互作用プロファイル情報組合せ(SLNPM-PC)に基づく配列誘導線形近傍伝搬法である。実験結果は,SLNPM-SCとSLNPM-PCが,他の最先端の方法と比較して,より高い精度でlncRNA-miRNA相互作用を予測することを示した。事例研究は,SLNPM-SCとSLNPM-PCが,与えられたlncRNAまたはmiRNAに対する新しいlncRNA-miRNA相互作用の発見を助けることを示す。本研究は,既知の相互作用がlncRNA-miRNA相互作用予測のための最も重要な情報をもたらし,lncRNA(miRNA)の配列も有用な情報を提供することを明らかにした。結論として,SLNPM-SCとSLNPM-PCは,lncRNA-miRNA相互作用予測に有望である。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *相互作用 ,  線形性 ,  事例研究 ,  類似性
準シソーラス用語： *マイクロRNA ,  スコア化 ,  スポンジ ,  *非翻訳長鎖RNA , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： lncRNA-miRNA相互作用 ,  統合類似性 ,  ラベル伝搬

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (60件)：

• Nat Rev Genet; Long non-coding RNAs: insights into functions; TR Mercer, ME Dinger, JS Mattick; 10; 3; 2009; 155-159; 10.1038/nrg2521; citation_id=CR1
• RNA Biol; Long noncoding RNA in genome regulation: prospects and mechanisms; T Hung, HY Chang; 7; 5; 2010; 582-585; 10.4161/rna.7.5.13216; citation_id=CR2
• Nat Rev Genet; Long non-coding RNAs: new players in cell differentiation and development; A Fatica, I Bozzoni; 15; 1; 2014; 7-21; 10.1038/nrg3606; citation_id=CR3
• Nat Immunol; Noncoding RNA and its associated proteins as regulatory elements of the immune system; M Turner, A Galloway, E Vigorito; 15; 6; 2014; 484-491; 10.1038/ni.2887; citation_id=CR4
• Chakravarty D, Sboner A, Nair SS, Giannopoulou E, Li RH, Hennig S, Mosquera JM, Pauwels J, Park K, Kossai M, et al. The oestrogen receptor alpha-regulated lncRNA NEAT1 is a critical modulator of prostate cancer. Nat Commun. 2014;5:1-3.

タイトルに関連する用語 (10件)： 組合せ ,  シーケンス ,  導出 ,  線形 ,  近傍 ,  伝搬 ,  lncRNA ,  miRNA ,  相互作用 ,  予測