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J-GLOBAL ID：202002256609934916   整理番号：20A0698937

マイクロアレイによる空間トランスクリプトミクスと単一細胞RNA塩基配列解読法の統合が膵管腺がんの組織構造を明らかにする

Integrating microarray-based spatial transcriptomics and single-cell RNA-seq reveals tissue architecture in pancreatic ductal adenocarcinomas

著者 (12件)： MONCADA Reuben (Inst. for Computational Medicine, NYU Langone Health, New York, NY, USA) ,  BARKLEY Dalia (Inst. for Computational Medicine, NYU Langone Health, New York, NY, USA) ,  WAGNER Florian (Inst. for Computational Medicine, NYU Langone Health, New York, NY, USA) ,  CHIODIN Marta (Inst. for Computational Medicine, NYU Langone Health, New York, NY, USA) ,  DEVLIN Joseph C. (Inst. for Computational Medicine, NYU Langone Health, New York, NY, USA) ,  BARON Maayan (Inst. for Computational Medicine, NYU Langone Health, New York, NY, USA) ,  YANAI Itai (Inst. for Computational Medicine, NYU Langone Health, New York, NY, USA) ,  HAJDU Cristina H. (Dep. of Pathology, NYU Langone Health, New York, NY, USA) ,  SIMEONE Diane M. (Dep. of Pathology, NYU Langone Health, New York, NY, USA) ,  SIMEONE Diane M. (Dep. of Surgery, NYU Langone Health, New York, NY, USA) ,  SIMEONE Diane M. (Perlmutter Cancer Center, NYU Langone Health, New York, NY, USA) ,  YANAI Itai (Dep. of Biochemistry and Molecular Pharmacology, NYU Langone Health, New York, NY, USA)
資料名： Nature Biotechnology  (Nature Biotechnology)
巻： 38  号： 3  ページ： 333-342  発行年： 2020年03月 
JST資料番号： H0870A  ISSN： 1087-0156  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 単一細胞RNA塩基配列解読法(scRNA-seq)は,組織内の細胞集団の系統的な識別を可能にするが,その空間的構成を明らかにすることは依然として困難である。我々は,それぞれが複数の近隣細胞のトランスクリプトームをとらえるスポット群を用いて遺伝子発現の空間的パターンを明らかにするマイクロアレイ空間トランスクリプトミクス法を,同じ検体から得たscRNA-Seqと組み合わせた。異なる組織領域の正確な細胞組成のアノテーションを行うため,マルチモーダル共通集合解析法を導入した。マルチモーダル共通集合解析を膵臓の原発腫瘍に用いることにより,膵管細胞,マクロファージ,樹状細胞およびがん細胞の亜集団が空間的に限定された部分に集積していることが分かった他,別の細胞型との異なる共集積も見いだされた。さらに,炎症性繊維芽細胞とストレス応答遺伝子モジュールを発現するがん細胞との共局在も明らかになった。scRNA-seqで明確になった亜集団の構造をマッピングする我々の方法は,複雑な組織に固有の相互作用の解明に応用可能である。Copyright Nature Japan KK 2020

シソーラス用語： マクロファージ ,  遺伝子発現 ,  組織構造 ,  樹状細胞 ,  トランスクリプトーム ,  アノテーション ,  腫瘍細胞 ,  線維芽細胞 ,  *ヌクレオチド配列 ,  相互作用 ,  *RNA【核酸】 ,  多モード ,  *膵管 ,  炎症
準シソーラス用語： *単一細胞 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (3件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝学研究法  (EC01020N) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (9件)： マイクロアレイ ,  トランスクリプトミクス ,  単一細胞 ,  RNA ,  塩基配列 ,  解読 ,  統合 ,  膵管腺がん ,  組織構造