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J-GLOBAL ID：202002256851383885   整理番号：20A1733874

臨床呼吸器試料からのインフルエンザウイルスのメタゲノムナノ細孔配列決定【JST・京大機械翻訳】

Metagenomic Nanopore Sequencing of Influenza Virus Direct from Clinical Respiratory Samples

著者 (20件)： Lewandowski Kuiama ,  Xu Yifei ,  Pullan Steven T. ,  Lumley Sheila F. ,  Foster Dona ,  Sanderson Nicholas ,  Vaughan Alison ,  Morgan Marcus ,  Bright Nicole ,  Kavanagh James ,  Vipond Richard ,  Carroll Miles ,  Marriott Anthony C. ,  Gooch Karen E. ,  Andersson Monique ,  Jeffery Katie ,  Peto Timothy E. A. ,  Crook Derrick W. ,  Walker A. Sarah ,  Matthews Philippa C.
資料名： Journal of Clinical Microbiology  (Journal of Clinical Microbiology)
巻： 58  号： 1  ページ： Null  発行年： 2019年 
JST資料番号： T0094A  ISSN： 0095-1137  CODEN： JCMIDW  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ABSTRACTインフルエンザは,その高度に病原性の変異体,大きな遊走性貯留層,およびパンデミックポテンシャルの結果として,主要な世界的な公衆衛生上の脅威である。メタゲノムウイルス配列決定は,感染,進化および薬剤耐性に関する洞察を提供し,同時に他のウイルスを検出するインフルエンザウイルスに対する診断試験の可能性を提供する。したがって,呼吸試料のメタゲノム配列決定にOxford Nanopore Technologies法を適用する。インフルエンザウイルスをプールした試料で102から103ゲノムコピー/mlの検出限界まで読み,ウイルス力価とインフルエンザウイルス読み取りの割合(P=4.7×10-5)との強い関係を観察した。臨床スロートスワブに著者らの方法を適用して,著者らは,中~高ウイルス力価(サイクル閾値[C_T]値,<30)および低ウイルス力価(C_T値,30~40)を有する6/13のサンプルで27/27サンプルのためのインフルエンザウイルス読取を作成した。10のインフルエンザウイルス陰性試料から偽陽性読取は発生しなかった。このため,ナノポア配列決定は,現在の診断標準と比較し,83%の感度(95%信頼区間[CI],67~93%)および100%特異性(95%CI,69~100%)で操作した。全長ウイルスの被覆率は試料組成に依存し,宿主と細菌読み取りの増加により負の影響を受けた。しかし,高インフルエンザウイルス力価では,全8つの遺伝子セグメントに対して>99%の完全配列を再構築することができた。また,1つの臨床サンプルでヒトコロナウイルス共感染を検出した。感度を改善するためにさらなる最適化が必要であるが,この手法はインフルエンザウイルスおよび他の呼吸器ウイルスの診断および遺伝子解析に用いるナノポアプラットフォームの有望性を示す。Please refer to the publisher for the copyright holders. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 最適化 ,  細菌 ,  遺伝子 ,  *インフルエンザウイルス ,  *呼吸器 ,  薬物耐性 ,  *インフルエンザ ,  再構成 ,  病原性 ,  公衆衛生 ,  検出限界
準シソーラス用語： *ナノ細孔 ,  遺伝子解析 ,  *メタゲノム ,  ウイルス力価 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 感染症・寄生虫症一般  (GD01010H)

タイトルに関連する用語 (6件)： 臨床 ,  呼吸器 ,  試料 ,  インフルエンザウイルス ,  メタゲノム ,  ナノ細孔