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J-GLOBAL ID：202002258586061732   整理番号：20A0225505

混合モデル関連解析のためのゲノム全体のBarebone回帰スキャン【JST・京大機械翻訳】

Genome-wide barebones regression scan for mixed-model association analysis

著者 (6件)： Gao Jin (Wuxi Fisheries College, Nanjing Agricultural University, Wuxi, China) ,  Zhou Xuefei (Zhongbo International Business School, Guangzhou Zhongbo Education Corporation Limited, Guangzhou, China) ,  Hao Zhiyu (College of Animal Science and Technology, Northeast Agricultural University, Harbin, China) ,  Jiang Li (Research Centre for Aquatic Biotechnology, Chinese Academy of Fishery Sciences, Beijing, China) ,  Yang Runqing (Wuxi Fisheries College, Nanjing Agricultural University, Wuxi, China) ,  Yang Runqing (Research Centre for Aquatic Biotechnology, Chinese Academy of Fishery Sciences, Beijing, China)
資料名： Theoretical and Applied Genetics  (Theoretical and Applied Genetics)
巻： 133  号： 1  ページ： 51-58  発行年： 2020年 
JST資料番号： D0382B  ISSN： 0040-5752  CODEN： THAGA6  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 単純化されたFaST-LMMに基づいて,ゲノム分散が遺伝率と置換されることにより,試験したSNPの遺伝的影響を統計的に推論し,emmaxアルゴリズムを用いて得られた大規模または高度に有意なSNPに焦点を当てることにより,計算効率を大幅に改善した。全ゲノム混合モデル関連解析のために,単一ヌクレオチド多型(SNP)効果の迅速推定のためのR/RcppArmadilloパッケージからのfastLmPureと呼ばれる,ほとんどの線形モデル適合関数を導入し,スペクトル変換線形混合モデル(FaST-LMM)の最大尤度値を導入した。定量的形質ヌクレオチドのないヌルモデル下での定量的形質の推定ゲノム遺伝率から出発して,候補マーカーの多遺伝子遺伝率の最大尤度推定は,ほぼ4ラウンドの全ゲノム回帰スキャンと同じ時間を消費する。効率的な混合モデル関連探索アルゴリズムにより推定されるように,大きな影響または高い有意水準を持つSNPにのみ焦点を合わせると,全ゲノム混合モデル関連分析の実行時間は,ほとんどの2ラウンドの全ゲノム回帰スキャンに削減される。著者らは,非線形混合モデル関連解析を,ほとんど骨の線形回帰スキャンに変換するために,単一Runキングと呼ばれる新しいソフトウェアアプリケーションを開発した。ゲノムワイドマーカーを用いて計算した実現した関係マトリックスに基づいて,単一-RunKingは,R/lm関数を用いて残留分散に対する多変量分散の分散比を最適化するFaST-LMMと比較して,有意に計算時間を節約した。Copyright 2019 Springer-Verlag GmbH Germany, part of Springer Nature Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝的影響 ,  最尤法 ,  *ゲノム ,  簡素化 ,  応用プログラム ,  *走査 ,  遺伝率 ,  ヌクレオチド ,  最適化 ,  一塩基多型 ,  アルゴリズム ,  ソフトウェア ,  遺伝子
準シソーラス用語： *関連解析 ,  *混合モデル , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (3件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  麦  (FC03033M)

タイトルに関連する用語 (4件)： 混合モデル ,  関連解析 ,  ゲノム ,  スキャン