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J-GLOBAL ID：202002259050681772   整理番号：20A0076090

ブラジルのモモ育種生殖質における配列決定,集団構造および連鎖不平衡による遺伝子型決定を通したゲノムワイドSNP発見【JST・京大機械翻訳】

Genome-wide SNP discovery through genotyping by sequencing, population structure, and linkage disequilibrium in Brazilian peach breeding germplasm

著者 (6件)： Thurow Liane Bahr (Programa de Pos-graduacao em Agronomia, Centro de Genomica e Fitomelhoramento, Universidade Federal de Pelotas, Pelotas, RS, Brazil) ,  Thurow Liane Bahr (Embrapa Clima Temperado, Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa), Pelotas, RS, Brazil) ,  Gasic Ksenija (Peach Breeding and Genetics, Department of Plant and Environmental Sciences, Clemson University, Clemson, SC, USA) ,  Bassols Raseira Maria do Carmo (Embrapa Clima Temperado, Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa), Pelotas, RS, Brazil) ,  Bonow Sandro (Embrapa Clima Temperado, Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa), Pelotas, RS, Brazil) ,  Marques Castro Caroline (Embrapa Clima Temperado, Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa), Pelotas, RS, Brazil)
資料名： Tree Genetics & Genomes  (Tree Genetics & Genomes)
巻： 16  号： 1  ページ： 1-14  発行年： 2020年 
JST資料番号： W5003A  ISSN： 1614-2950  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 配列決定(GBS)による遺伝子タイピングは,ゲノム全体のSNP発見とハイスループット遺伝子タイピングのための柔軟で費用対効果の高い戦略である。ここでは,ブラジルの繁殖生殖質を代表する220のモモ遺伝子型(Prunus persica)の間の集団構造,遺伝的変動性および連鎖不均衡(LD)のパターンを調査するためにGBSアプローチを用いた。この選択されたパネルは,主に穏やかな冬と高い相対湿度条件で開発された局所的に適応されたモモによって構成され,低い寒冷地のためのモモ生殖質の世界的な参照を表す。全部で93,353のSNPマーカーを発見し,フィルタリング後,18373の高品質SNPを分析に用いた。選択されたSNPの34%が遺伝子領域に位置し,これらの約70%がコード配列に位置していた。主座標分析(PCoA)とBayesクラスタ化(ファストSTRUCTURE)は,著者らの生殖質パネルにおける集団遺伝構造を成功裏に検出し,3つの主要な異なるサブ集団の同定を支持した。サブ集団内の遺伝子型の分布は果実関連形質を反映していた。LDパターンはモモにおける中程度のLDレベルを明らかにし,LDの程度は亜母集団とゲノム領域に高度に依存していた。全ゲノム関連研究(GWAS)を実行するためのGBS-SNPの使用も,5つの果実品質形質から表現型情報を使用することによって利用された。観察された有意なSNP-形質関連は,連鎖および関連マッピング分析により以前に予測された領域に常に存在し,育種プログラムにおけるマーカー支援選択の使用を組み込むための価値ある洞察を提供した。Copyright 2019 Springer-Verlag GmbH Germany, part of Springer Nature Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *遺伝 ,  サクラ属 ,  母集団 ,  *遺伝子 ,  *育種 ,  ゲノムワイド関連解析 ,  寒冷地 ,  相対湿度 ,  フィルタリング ,  クラスタ化 ,  繁殖行動 ,  *遺伝子型 ,  *ゲノム ,  集団遺伝 ,  表現型

著者キーワード (6件)： Prunus persica ,  GBS ,  多様性解析 ,  集団遺伝学 ,  LDパターン ,  GWAS

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (10件)： ブラジル ,  モモ ,  育種 ,  生殖質 ,  集団構造 ,  連鎖不平衡 ,  遺伝子型決定 ,  ゲノム ,  SNP ,  発見