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J-GLOBAL ID：202002259465493226   整理番号：20A2795566

Shape-eCLIPのフットプリントはRNA-蛋白質界面におけるトランスクリプトーム全体の水素結合を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Footprinting SHAPE-eCLIP Reveals Transcriptome-wide Hydrogen Bonds at RNA-Protein Interfaces

著者 (7件)： Corley Meredith (Department of Cellular and Molecular Medicine, Institute for Genomic Medicine, UCSD Stem Cell Program, University of California, San Diego, La Jolla, CA 92093, USA) ,  Flynn Ryan A. (Center for Personal Dynamic Regulomes, Stanford University School of Medicine, Stanford, CA 94305, USA) ,  Lee Byron (Center for Personal Dynamic Regulomes, Stanford University School of Medicine, Stanford, CA 94305, USA) ,  Blue Steven M. (Department of Cellular and Molecular Medicine, Institute for Genomic Medicine, UCSD Stem Cell Program, University of California, San Diego, La Jolla, CA 92093, USA) ,  Chang Howard Y. (Center for Personal Dynamic Regulomes, Stanford University School of Medicine, Stanford, CA 94305, USA) ,  Chang Howard Y. (Howard Hughes Medical Institute, Stanford University, Stanford, CA 94305, USA) ,  Yeo Gene W. (Department of Cellular and Molecular Medicine, Institute for Genomic Medicine, UCSD Stem Cell Program, University of California, San Diego, La Jolla, CA 92093, USA)
資料名： Molecular Cell  (Molecular Cell)
巻： 80  号： 5  ページ： 903-914.e8  発行年： 2020年 
JST資料番号： W1167A  ISSN： 1097-2765  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： RNA上のRNA結合蛋白質(RBP)の相互作用機構と位置の発見が遺伝子発現調節の理解に重要である。ここでは,RNA上のトランスクリプトームワイドフットプリント(fSHAPE)を同定するために,4つのヒト細胞株における蛋白質-absent転写産物と比較して,in vivo転写物におけるプライマー伸長(SHAPE)により分析された選択的2′-ヒドロキシルアシル化を適用した。構造解析は,fSHAPEが蛋白質と水素結合する核酸塩基を正確に検出することを示している。fSHAPEパターンは既知の遺伝子座における鉄応答要素やCDC34,SLC2A4RG,COASY,H19の未知の遺伝子座などの既知RBPsの結合部位を予測することを示した。さらに,SHAPEとfSHAPEを,望ましいRBPの架橋と免疫沈降(eCLIP)と統合することにより,ヒストンステムループ要素やステムループ結合蛋白質と水素結合するヌクレオチドのような特異的RNA-蛋白質複合体を,著者らは,相互評価した。まとめると,これらの技術はRNA-蛋白質複合体における特異的細胞RNA相互作用を研究し,理解する能力を大きく広げる。Copyright 2020 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *界面 ,  *水素結合 ,  相互作用 ,  鉄 ,  *RNA【核酸】 ,  *タンパク質 ,  ヌクレオチド ,  結合部位 ,  免疫沈降反応 ,  タンパク質複合体 ,  *トランスクリプトーム ,  RNA結合タンパク質
準シソーラス用語： 遺伝子発現調節 ,  結合蛋白質 ,  転写産物 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： RNAフットプリンティング ,  RNA-蛋白質相互作用 ,  RNA二次構造 ,  架橋と免疫沈降 ,  鉄応答要素

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (6件)： フットプリント ,  RNA ,  蛋白質 ,  界面 ,  トランスクリプトーム ,  水素結合