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J-GLOBAL ID：202002259693147222   整理番号：20A1057939

臨床脳脊髄液標本におけるヒトDNA汚染の減少はメタゲノム次世代シークエンシングの感度を改善する【JST・京大機械翻訳】

Reduction of Human DNA Contamination in Clinical Cerebrospinal Fluid Specimens Improves the Sensitivity of Metagenomic Next-Generation Sequencing

著者 (8件)： Ji Xin-Chao (Department of Neurology, Xijing Hospital, Air Force Military Medical University, Xi’an, China) ,  Zhou Lin-Fu (Department of Neurology, The 987 Hospital of PLA, Baoji, China) ,  Li Chao-Yang (Department of Neurology, Xijing Hospital, Air Force Military Medical University, Xi’an, China) ,  Shi Ya-Jun (Department of Neurology, Xijing Hospital, Air Force Military Medical University, Xi’an, China) ,  Wu Meng-Li (Department of Neurology, Xijing Hospital, Air Force Military Medical University, Xi’an, China) ,  Zhang Yun (Department of Neurology, Xijing Hospital, Air Force Military Medical University, Xi’an, China) ,  Fei Xiao-Fei (Department of Neurology, Xijing Hospital, Air Force Military Medical University, Xi’an, China) ,  Zhao Gang (Department of Neurology, Xijing Hospital, Air Force Military Medical University, Xi’an, China)
資料名： Journal of Molecular Neuroscience  (Journal of Molecular Neuroscience)
巻： 70  号： 5  ページ： 659-666  発行年： 2020年 
JST資料番号： W0336A  ISSN： 0895-8696  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： メタゲノム次世代配列決定(MNGs)は,中枢神経系の不明瞭な感染症の検出にますます利用可能である。しかしながら,髄膜炎患者における特徴的な脳脊髄液(CSF)の特徴の1つである,高い白血球からのヒトDNA汚染は,病原体検出におけるMNGsの感受性を大きく低下させる。現在,臨床CSF試料からの宿主DNA汚染を選択的に減少させる有効なアプローチはまだ欠けている。本研究では,合計20名の髄膜炎患者を登録し,10名の確定診断された結核性髄膜炎(TBM)と10名の明確なクリプトコッカス髄膜炎(CM)症例を含んだ。MNGs検出の感度における還元されたヒトDNAの効果を評価するために,3つの特定処理プロトコルを実行した。(i)ヒトDNAを除去するために,非イオン界面活性剤であるサポニンを用いて,CSF中の白血球を選択的に溶解し,DNA抽出前にDNアーゼ処理を行った。(ii)宿主DNAを減少させるために,CSFを遠心分離してヒト細胞を除去し,上清をDNA抽出のために採取した。(iii)未処理試料からのDNA抽出を対照とした。著者らは,サポニン処理が,対照と比較してCryptococcus(P<0.01)に対するNGSのユニークなリードを有意に上昇させたが,Mycobacterium tuberculosis(P>0.05)には影響を及ぼさなかったことを見出した。しかしながら,遠心分離した上清の検出は,対照と比較してTBMとCMの両方に対するNGSのユニークな読み取りを改善した(P<0.01)。著者らの結果は,TBMとCMを有する患者における臨床CSFサンプルからの遠心分離上清のMNGsの使用が,病原体検出の感度を改善するための単純で効果的な方法であることを示す。Copyright Springer Science+Business Media, LLC, part of Springer Nature 2020 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 白血球 ,  *DNA【核酸】 ,  DNアーゼ ,  *髄液 ,  ヒト ,  非イオン界面活性剤 ,  サポニン ,  感染症 ,  Cryptococcus ,  Mycobacterium ,  髄膜炎
準シソーラス用語： クリプトコッカス髄膜炎 ,  DNA抽出 ,  *メタゲノム ,  *次世代シークエンシング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： メタゲノム次世代シークエンシング ,  結核性髄膜炎 ,  クリプトコッカス髄膜炎 ,  宿主DNA汚染 ,  サポニン

分類 (1件)： 感染症・寄生虫症の診断  (GD01020S)

タイトルに関連する用語 (8件)： 臨床 ,  脳脊髄液 ,  標本 ,  ヒト ,  DNA汚染 ,  メタゲノム ,  次世代シークエンシング ,  感度