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J-GLOBAL ID：202002259995083292   整理番号：20A1002443

スクランブルゲノムにおける遺伝子セグメント構成のためのグラフベース解析【JST・京大機械翻訳】

Graph based analysis for gene segment organization In a scrambled genome

著者 (4件)： Hajij Mustafa (Department of Computer Science, Ohio State University, Columbus, OH 43210, USA) ,  Jonoska Natasa (Department of Mathematics and Statistics, University of South Florida, Tampa, FL 33612, USA) ,  Kukushkin Denys (Department of Mathematics and Statistics, University of South Florida, Tampa, FL 33612, USA) ,  Saito Masahico (Department of Mathematics and Statistics, University of South Florida, Tampa, FL 33612, USA)
資料名： Journal of Theoretical Biology  (Journal of Theoretical Biology)
巻： 494  ページ： Null  発行年： 2020年 
JST資料番号： A0288B  ISSN： 0022-5193  CODEN： JTBIA  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： DNA組換えプロセスは,他の遺伝子セグメントと重複する遺伝子セグメントを含むことができる。このような遺伝子セグメントの出現は遺伝子セグメントの組織化と呼ばれている。染色体遺伝子座における遺伝子セグメント構成を表すためにグラフを用いた。グラフの頂点は再結合の後に生じるコンティグを表し,エッジは再構成の前に遺伝子セグメント組織化を表す。各グラフに対して,そのエントリがグラフ特性に対応するベクトルを結合し,クラスタ形成と解析が階層的クラスタリング法により実行できるように,より高次元のユークリッド空間における点としてこのベクトルを考察した。この解析は,共役後に大量の再配列過程を起こす高度にスクランブルされたゲノムを持つ繊毛虫の種である最近配列化されたモデル生物Oxytricha trifallaxに適用される。解析は,単一遺伝子のセグメントがインタリーブすることができるか,あるいはそのセグメント間の15個以上の他の遺伝子からセグメントの全てを含むことを示すいくつかの新たな星状グラフ構造を示す。また,6つの遺伝子の多くは,それらのセグメントを相互にインタリービングまたは重複することができることを観察した。Copyright 2020 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 再結合 ,  ベクトル ,  共役 ,  *遺伝子 ,  染色体 ,  繊毛虫類 ,  *ゲノム ,  再構成 ,  Euclid空間 ,  インタリービング ,  高次元 ,  DNA組換 ,  インタリーブ ,  クラスタ形成
準シソーラス用語： 階層的クラスタリング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： スクランブルゲノム ,  遺伝子断片組織 ,  グラフ特性からの点雲 ,  階層クラスタ分析(HCA) ,  Oxytricha trifallax

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (5件)： ゲノム ,  遺伝子 ,  セグメント ,  グラフ ,  解析