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J-GLOBAL ID：202002261283935303   整理番号：20A2159286

半翅目系統ゲノム資源:ツリーに基づくオルソロジー予測と保存されたエキソン同定【JST・京大機械翻訳】

Hemiptera phylogenomic resources: Tree-based orthology prediction and conserved exon identification

著者 (7件)： Owen Christopher L. (Computational Biology Institute, George Washington University, Washington, DC, USA) ,  Owen Christopher L. (Systematic Entomology Laboratory, USDA-ARS, Beltsville, MD, USA) ,  Stern David B. (Computational Biology Institute, George Washington University, Washington, DC, USA) ,  Stern David B. (Department of Integrative Biology, University of Wisconsin - Madison, Madison, WI, USA) ,  Hilton Sarah K. (Computational Biology Institute, George Washington University, Washington, DC, USA) ,  Hilton Sarah K. (Department of Genome Sciences, University of Washington, Washington, DC, USA) ,  Crandall Keith A. (Computational Biology Institute, George Washington University, Washington, DC, USA)
資料名： Molecular Ecology Resources  (Molecular Ecology Resources)
巻： 20  号： 5  ページ： 1346-1360  発行年： 2020年 
JST資料番号： W2685A  ISSN： 1755-098X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： トランスクリプトームと標的ゲノム領域のハイスループット配列決定は,生命のツリーの知識を前進させる。ゲノムの領域を持つ構築系統は,遺伝子と非コード遺伝子座の1対1オルソログ資源を必要とする。この地域でほとんど注目されていない1つの生物群が,Hemipteraであり,第5の最大の昆虫の順位は,ΔΨ103,590で代表される種であった。ここでは,公的に利用可能なゲノム配列を持つ8つのHemiptera種の樹木に基づくオルソロジー推論に基づく3,872のHemiptera 1-to-1オルソグループセットを示した。また,Sanger配列決定に使用できる類似のmRNAスプライス部位を有する406のオルソログエキソンの集合を推定し,系統ゲノム推論のための標的ゲノム配列決定のための濃縮プローブを開発した。この新規セットのオルソログは,蛋白質,コード配列およびエキソン分子レベルにおいて有益であり,遺伝子ツリー種木法および連結配列系統学の両方において強固な枝支持を提供することを示した。さらに,著者らは,少数の系統ゲノム資源を有する大きな種複合体であるコナジラミ,Bemisiaコナジラミにおける関係を解決するためのこれらの遺伝子座の有用性を実証した。最後に,著者らのHemiptera系統発生を以前に発表された系統発生学および他のオーソログデータベースと比較し,この系統ゲノム資源への更なる改良に関する示唆を提供した。Copyright 2020 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： データベース ,  mRNA ,  遺伝子 ,  タンパク質 ,  系統発生 ,  *ゲノム ,  複合体 ,  *半翅類 ,  ロバスト性 ,  トランスクリプトーム
準シソーラス用語： Bemisia ,  *オルソログ ,  ハイスループット ,  ゲノム配列 ,  スプライス部位 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： Bemisia ,  比較ゲノミクス ,  半翅目 ,  系統ゲノミクス ,  トランスクリプトーム ,  ツリーベースのオルソロジー

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝学研究法  (EC01020N)

タイトルに関連する用語 (9件)： 半翅目 ,  系統 ,  ゲノム ,  資源 ,  オルソロジー ,  予測 ,  保存 ,  エキソン ,  同定