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J-GLOBAL ID：202002261654561166   整理番号：20A0877816

構造的および本質的に無秩序な領域を含む蛋白質に対する力場の選択【JST・京大機械翻訳】

Choice of Force Field for Proteins Containing Structured and Intrinsically Disordered Regions

著者 (16件)： Zapletal Vojtech (National Centre for Biomolecular Research, Faculty of Science, Masaryk University, Brno, Czech Republic) ,  Zapletal Vojtech (Central European Institute of Technology, Masaryk University, Brno, Czech Republic) ,  Mladek Arnost (Central European Institute of Technology, Masaryk University, Brno, Czech Republic) ,  Melkova Katerina (National Centre for Biomolecular Research, Faculty of Science, Masaryk University, Brno, Czech Republic) ,  Melkova Katerina (Central European Institute of Technology, Masaryk University, Brno, Czech Republic) ,  Lousa Petr (Central European Institute of Technology, Masaryk University, Brno, Czech Republic) ,  Nomilner Erik (National Centre for Biomolecular Research, Faculty of Science, Masaryk University, Brno, Czech Republic) ,  Jasenakova Zuzana (National Centre for Biomolecular Research, Faculty of Science, Masaryk University, Brno, Czech Republic) ,  Jasenakova Zuzana (Central European Institute of Technology, Masaryk University, Brno, Czech Republic) ,  Kuban Vojtech (National Centre for Biomolecular Research, Faculty of Science, Masaryk University, Brno, Czech Republic) ,  Kuban Vojtech (Central European Institute of Technology, Masaryk University, Brno, Czech Republic) ,  Makovicka Marketa (National Centre for Biomolecular Research, Faculty of Science, Masaryk University, Brno, Czech Republic) ,  Lanikova Alice (National Centre for Biomolecular Research, Faculty of Science, Masaryk University, Brno, Czech Republic) ,  Zidek Lukas (National Centre for Biomolecular Research, Faculty of Science, Masaryk University, Brno, Czech Republic) ,  Zidek Lukas (Central European Institute of Technology, Masaryk University, Brno, Czech Republic) ,  Hritz Jozef (Central European Institute of Technology, Masaryk University, Brno, Czech Republic)
資料名： Biophysical Journal  (Biophysical Journal)
巻： 118  号： 7  ページ： 1621-1633  発行年： 2020年 
JST資料番号： B0298A  ISSN： 0006-3495  CODEN： BIOJAU  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 球状蛋白質に対して最適化された生体分子力場は本質的に無秩序な蛋白質の性質を適切に再現できない。特に,水モデルのパラメータは,秩序化および無秩序化蛋白質の両方に対する力場の適用性を改善するために修正する必要がある。ここでは,秩序化および無秩序領域の含有量が異なる3つの蛋白質の分子動力学シミュレーションにおいて,本質的に無秩序な蛋白質に対して推奨される力場の性能を比較した。得られた分子動力学トラジェクトリーを用いて,蛋白質の回転半径および化学シフト,残留双極子カップリング,常磁性緩和増強,およびそれらの個々の残基のNMR緩和データを含む測定可能なパラメータを予測した。予測された量を本研究で得られた実験データと比較した。結果は,ベンチマーキングのためにめったに使用されないNMR緩和パラメータが,特に水モデルを定義する力-場パラメータの選択に特に敏感であることを示した。興味あることに,人工的な構造崩壊をもたらすTIP3P水モデルは,非現実的な緩和特性をもたらした。蛋白質部分に対する3つの生体分子力場パラメータと組み合わせたTIP4P-D水モデルは,シミュレーションの信頼性を有意に改善した。追加分析は,NMR実験で観察された過渡的螺旋モチーフを保持することができる唯一の特定の力の場を明らかにした。本研究で用いたベンチマーキングプロトコルは,一般的に用いられている試験よりも不完全性に敏感であり,新しく開発された力場の性能を評価するのに適している。Copyright 2020 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 分子動力学 ,  *タンパク質 ,  化学シフト ,  トラジェクトリー ,  信頼性 ,  適応性 ,  最適化 ,  *力の場 ,  球状タンパク質 ,  慣性半径 ,  NMR【磁気共鳴】 ,  双極子相互作用 ,  緩和現象 ,  水モデル ,  計算機シミュレーション
準シソーラス用語： ベンチマーキング , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (2件)： 蛋白質 ,  力場