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J-GLOBAL ID：202002262016804903   整理番号：20A1083924

次元縮小技術による単一細胞データ構造保存を評価するための定量的フレームワーク【JST・京大機械翻訳】

A Quantitative Framework for Evaluating Single-Cell Data Structure Preservation by Dimensionality Reduction Techniques

著者 (6件)： Heiser Cody N. (Epithelial Biology Center, Vanderbilt University Medical Center, 2213 Garland Avenue, 10475 MRB IV, Nashville, TN 37232, USA) ,  Heiser Cody N. (Program in Chemical and Physical Biology, Vanderbilt University School of Medicine, Nashville, TN 37232, USA) ,  Lau Ken S. (Epithelial Biology Center, Vanderbilt University Medical Center, 2213 Garland Avenue, 10475 MRB IV, Nashville, TN 37232, USA) ,  Lau Ken S. (Program in Chemical and Physical Biology, Vanderbilt University School of Medicine, Nashville, TN 37232, USA) ,  Lau Ken S. (Department of Cell and Developmental Biology, Vanderbilt University School of Medicine, Nashville, TN 37232, USA) ,  Lau Ken S. (Center for Quantitative Sciences, Vanderbilt University School of Medicine, Nashville, TN 37232, USA)
資料名： Cell Reports  (Cell Reports)
巻： 31  号： 5  ページ： Null  発行年： 2020年 
JST資料番号： W3124A  ISSN： 2211-1247  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 単一細胞RNA配列決定(scRNA-seq)により生成されるそれらのような高次元データは,解釈と可視化における課題を提示する。次元縮小のための数値的および計算的方法は,下流クラスタ化,軌道再構成,および生物学的解釈のためのゲノムスケールの表現データの低次元表現を可能にする。しかし,これらの技術の性能の包括的で定量的な評価は確立されていない。次元縮小変換における大域的および局所的構造保存の計量を定義する非バイアス枠組みを示した。離散的および連続的実世界および合成scRNA-seqデータセットを用いて,著者らは,入力セル分布および方法パラメータが,11の一般的次元縮小法によるグローバル,局所的および組織的データ構造保存の主に決定因子であることを示した。Copyright 2020 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *データ構造 ,  教師なし学習 ,  RNA【核酸】 ,  可視化 ,  クラスタ化 ,  ゲノム ,  再構成 ,  バイアス ,  *次元縮小 ,  トランスクリプトーム
準シソーラス用語： scRNA ,  決定因子 ,  *単一細胞 ,  低次元 ,  高次元データ , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 単一細胞トランスクリプトーム ,  次元縮小 ,  可視化 ,  単一細胞分析 ,  データ解析 ,  教師なし学習

分類 (2件)： 図形・画像処理一般  (JE04010I) ,  人工知能  (JE08000Z)

タイトルに関連する用語 (7件)： 次元縮小 ,  単一細胞 ,  データ構造 ,  保存 ,  評価 ,  定量 ,  フレームワーク