環境DNAメタバーコード配列のクラスタリングによる空間スケールにわたる脊椎動物分類学的多様性のブラインド評価【JST・京大機械翻訳】

Marques Virginie; Marques Virginie; Guerin Pierre-Edouard; Rocle Mathieu; Valentini Alice; Manel Stephanie; Mouillot David; Dejean Tony

文献

J-GLOBAL ID：202002262437138588 整理番号：20A2715599

環境DNAメタバーコード配列のクラスタリングによる空間スケールにわたる脊椎動物分類学的多様性のブラインド評価【JST・京大機械翻訳】

Blind assessment of vertebrate taxonomic diversity across spatial scales by clustering environmental DNA metabarcoding sequences

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資料名：
巻： 43 号： 12 ページ： 1779-1790 発行年： 2020年
JST資料番号： W1706A ISSN： 0906-7590 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

人間活動は地球上のすべての生態系に影響を与え,それは科学者が時間的および空間的スケールにわたる生物多様性変化をよりよく理解する。環境DNA(eDNA)メタバーコーディングは広範囲の生態系における種組成を評価する有望な非侵襲的方法である。しかし,この方法は参照データベースの完全性,すなわち,地域プールの各種に付着したDNA配列のリストを必要とし,それは稀にしか満たされていない。代替として,分子操作分類単位(MOTU)を配列のクラスタとして抽出できる。しかし,MOTUの多様性が空間スケールにわたる種の多様性を予測できる程度は未知である。ここでは,参照データベースが,ブラインドeDNAアプローチが,異なる空間スケールでの種の地上数を確実に予測することができるかどうかを評価するために,参照データベースが完全である,Rhone川(フランス)に沿った196のサンプルを使用した。12S rDNAテレプライマーを用いて,著者らは,新しい組み立てられたバイオインフォマティクスパイプラインを用いて,MOTUsに60百万の配列を縮小し,クラスタ化した。厳密な品質フィルタがアーチファクトノイズを除去するのに必要であり,特に単一PCR複製に存在するMOTUsは,MOTUの55%(103)を表すことを示した。ポストクラスター化洗浄は19の付加的誤ったMOTUsを除去し,1つの真の存在種のみを廃棄した。次に,保持された魚類MOTUの多様性は,局所(α,r=0.98)および地域(γ)の地上-troth種の多様性(67MOTUs対63種)を正確に予測したが,試料間の種非類似性(β-多様性,r=0.98)も予測した。本研究は,遺伝的参照データベースにおける大きなギャップにもかかわらず,コミュニティ生態学と生物地理学におけるeDNAメタバーコーディングの利用を拡張する道を開いた。Copyright 2020 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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個体群生態学

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