抄録/ポイント：
抄録/ポイント
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ABSTRACTは,バイオテロリズム剤B.anthracis,食品媒介病原体B.cereus,および生物農薬B.thuringiensisを含む多数の近縁種から成る。産業で使用されている病気または死亡を引き起こす異なる生物は,リスク評価および発生準備に必須である。しかし,現在の種定義は,特に水平に獲得された遺伝子が表現型の原因となる場合,種-表現型不一致を促進する。すべての公的に利用可能なセレウス菌群ゲノム(n=2,231)を用いて,現在の種定義が重複した遺伝子種クラスタに導き,そこではゲノムの66.2%が従来の95平均ヌクレオチド同一性(ANI)遺伝子種閾値で複数の遺伝子種に属することを示した。≒92.5ANIの遺伝子種閾値はB.cereusグループに対するゲノム類似性における自然ギャップを反映することが示され,この閾値で同定されたメドイドゲノムは最小重複(複数の遺伝子種に割り当てられた2231ゲノムのうち6,0.269%)を有する再溶解性遺伝子種クラスタを生成することを示した。したがって,(i)≒92.5ANIで得られた可解性遺伝子種クラスタを用いた(i)遺伝子種,(ii)亜種名前の形式的収集を用いた医学的重要性の確立された系統,および(iii)バイオvar用語の形式化および拡張コレクションを用いた臨床的および工業的に重要な表現型の不均一性,を説明しているB.cereusグループに対する命名フレームワークを提案した。提案した命名は,ゲノム種の定義を犠牲にすることなく,臨床医に解釈可能なままであり,病原体の監視を助けることができることを期待する。新興,高リスク遺伝子型の早期検出;および発生準備。病原体を含む多くの原核生物に対するIMPORTANCE歴史的種定義は,ゲノム進化と矛盾しない表現型特性に依存する。このシナリオは,分類学的硬直と臨床解釈可能性の間のトレードオフに直面して,微小生物学者と臨床医を力づける。モデルとしてBacillus cereus群を用いて,臨床的および工業的に関連する表現型を持つ種のゲノム定義を調和する原核生物の分類学的描写のための概念的枠組みを提示した。ここで概説された命名フレームワークは,表現型と歴史的に重要な種名との一致を維持しながら,任意にセットされた遺伝子種閾値を越えて移動するゲノムベースの細菌分類のためのモデルとして役立った。Please refer to the publisher for the copyright holders. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】
