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J-GLOBAL ID：202002262899600070   整理番号：20A1467192

セロリトランスクリプトームデータSSRマーカーの開発とその遺伝的多様性分析【JST・京大機械翻訳】

Transcriptomic SSR Marker Development and Genetic Diversity Analysis in Celery (Apium graveolens)

著者 (6件)： Chen Changlong (北京市農林科学院北京農業生物技術研究中心/農業基因資源与生物技術北京市重点実験室,北京,100097) ,  Dong Yan (承徳市農林科学院,承徳,067000) ,  Tian Yu (北京市農林科学院北京農業生物技術研究中心/農業基因資源与生物技術北京市重点実験室,北京,100097) ,  Shi Miaohan (北京市農林科学院北京農業生物技術研究中心/農業基因資源与生物技術北京市重点実験室,北京100097;承徳市農林科学院,承徳067000) ,  Ge Xiuxiu (北京農学院生物与資源環境学院,北京,102206) ,  Xie Hua (北京市農林科学院北京農業生物技術研究中心/農業基因資源与生物技術北京市重点実験室,北京,100097)
資料名： Nongye Shengwu Jishu Xuebao  (Nongye Shengwu Jishu Xuebao)
巻： 28  号： 4  ページ： 616-628  発行年： 2020年 
JST資料番号： C2715A  ISSN： 1674-7968  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： セロリ(Apiumgraveolens)は世界中で重要な葉類野菜である。現在、セロリの遺伝研究にはいくつかの価値ある分子マーカーが必要である。本研究では、GenBankにおけるセロリの3セットのトランスクリプトームデータ中の高品質readsを用いて、配列スプライシングにより、39619個のunigenes配列が得られ、そのうち、合計4034個のSSR遺伝子座が同定され、そのうちジヌクレオチド反復型が最も豊富で、43であった。9%(1772);次に,ヌクレオチド(26.7%,1078)とトリヌクレオチドタイプ(21.0%,846)であった。四、五、六ヌクレオチドの総計は1.3%(52)を占めた。その他は複合型(7.1%,286)であった。設計した375対のSSRプライマーのうち、39ペアは選択した5種類の異なる由来の代表的なアピゲニンの中で検証に成功し、明確で安定した高品質の特異的PCR産物を産生した。蛍光標識PCR及び多重キャピラリー電気泳動技術を用いて、供試した76種類のアピゲニンのうち39遺伝子座に110の等位変異を検出し、平均各遺伝子座は2.821個、変化範囲は24個であった。遺伝子型数は29で,平均遺伝子座は4.308であった。平均多型情報量(polymorphisminformationcontent、PIC)は0.256で、変化範囲は0.0130.581であった。識別力(powerofdiscrimination,PD)の変化範囲は0.0260.764で、平均0.379.76種類のセロリの遺伝的多様性分析の結果、本セロリとセロリの平均対立遺伝子変異はそれぞれ2.641と2.436であった。Nei’s指数は,それぞれ0.347と0.194であり,Shannon’s指数は,それぞれ,0.589と0.351であり,セロリの遺伝的多様性は,セロリのものより大きいことを示した。分子分散分析(analysisofmolecularvariance,AMOVA)の結果、61.72%の変異はセロリの体内から由来し、22.07%の変異がセロリと本セロの集団内の個体間、16に由来することが明らかになった。22%の変異は2つの集団間に由来する。主成分分析(principalcomponentanalysis;PCA)はUPGMA(unweightedpair-groupmethodwitharithmeticmeans)のクラスター分析結果と一致し、基本的にセロリと本セロリはそれぞれ異なる類群に分けることができる。しかし、セロリと比べ、本セロウのクラスターは相対的に離散的であり、本セロの遺伝変異が相対的に豊富である可能性が示唆された。本研究では、セロリ遺伝資源の遺伝的多様性分析及び分子鑑定に用いるSSRマーカーを豊富にし、多重キャピラリー電気泳動に基づく高効率検出システムを構築した。Data from Wanfang. Translated by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *遺伝 ,  遺伝子型 ,  *セロリ ,  ヌクレオチド ,  情報量 ,  多重化 ,  蛍光標識 ,  クラスタ ,  クラスタ分析 ,  主成分分析 ,  遺伝資源 ,  キャピラリー電気泳動 ,  酸素複素環化合物 ,  多価フェノール ,  フラボノイド ,  芳香族縮合化合物 ,  ヒドロキシケトン
準シソーラス用語： 分子マーカー ,  *マイクロサテライトマーカー , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

物質索引 (1件)： アピゲニン

タイトルに関連する用語 (4件)： SSRマーカー ,  開発 ,  遺伝的多様性 ,  分析