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J-GLOBAL ID：202002264137393814   整理番号：20A1739947

髄芽腫の予後予測のための13遺伝子シグネチャの構築と検証【JST・京大機械翻訳】

Construction and Validation of a 13-Gene Signature for Prognosis Prediction in Medulloblastoma

著者 (18件)： Li Chang (Department of Neurosurgery, Xiangya Hospital, Central South University, Changsha, China) ,  Li Chang (Xiangya School of Medicine, Central South University, Changsha, China) ,  Li Chang (Hunan International Scientific and Technological Cooperation Base of Brain Tumor Research, Xiangya Hospital, Central South University, Changsha, China) ,  Zou Han (Department of Neurosurgery, Xiangya Hospital, Central South University, Changsha, China) ,  Zou Han (Xiangya School of Medicine, Central South University, Changsha, China) ,  Zou Han (Hunan International Scientific and Technological Cooperation Base of Brain Tumor Research, Xiangya Hospital, Central South University, Changsha, China) ,  Xiong Zujian (Department of Neurosurgery, Xiangya Hospital, Central South University, Changsha, China) ,  Xiong Zujian (Xiangya School of Medicine, Central South University, Changsha, China) ,  Xiong Zujian (Hunan International Scientific and Technological Cooperation Base of Brain Tumor Research, Xiangya Hospital, Central South University, Changsha, China) ,  Xiong Yi (Department of Neurosurgery, Xiangya Hospital, Central South University, Changsha, China) ,  Xiong Yi (Xiangya School of Medicine, Central South University, Changsha, China) ,  Xiong Yi (Hunan International Scientific and Technological Cooperation Base of Brain Tumor Research, Xiangya Hospital, Central South University, Changsha, China) ,  Miyagishima Danielle F. (Department of Neurosurgery, Yale School of Medicine, New Haven, CT, United States) ,  Miyagishima Danielle F. (Department of Genetics, Yale School of Medicine, New Haven, CT, United States) ,  Wanggou Siyi (Department of Neurosurgery, Xiangya Hospital, Central South University, Changsha, China) ,  Wanggou Siyi (Hunan International Scientific and Technological Cooperation Base of Brain Tumor Research, Xiangya Hospital, Central South University, Changsha, China) ,  Li Xuejun (Department of Neurosurgery, Xiangya Hospital, Central South University, Changsha, China) ,  Li Xuejun (Hunan International Scientific and Technological Cooperation Base of Brain Tumor Research, Xiangya Hospital, Central South University, Changsha, China)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 11  ページ： 429  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:最近の研究は,異なる臨床転帰と関連する髄芽腫のいくつかの分子サブグループを同定した;しかし,予後予測のためにはロバストな遺伝子シグネチャは確立されていない。著者らの目的は,髄芽細胞腫患者の予後を予測するロバストな遺伝子シグネチャベースのモデルを構築することであった。方法:髄芽腫の発現データを,遺伝子発現Omnibus(GSE85217,n=763;GSE37418,n=76)から得た。全生存(OS)と関連する遺伝子を同定するために,単変量生存解析と最小絶対収縮と選択オペレータ(LASSO)Cox回帰を行った。リスクスコアモデルを選択遺伝子に基づいて構築し,多重データセットを用いて検証した。リスク群の間の差次的発現遺伝子(DEG)を同定した。遺伝子およびゲノム(KEGG),遺伝子オントロジー(GO)および蛋白質-蛋白質相互作用(PPI)分析の京都エンシクロペディアを実施した。ネットワークモジュールとハブ遺伝子を,サイトスコープを用いて同定した。さらに,腫瘍微小環境(TME)をESTIMATEアルゴリズムを用いて評価した。腫瘍浸潤免疫細胞(TIIC)をCIBERSORTxを用いて推測した。結果:13遺伝子モデルを構築し,検証した。高リスク群として分類された患者は,低リスク群(訓練セット:p<0.0001;検証セット1:p<0.0001;検証セット2:p=0.00052)よりもOSが有意に低かった。受信者動作特性(ROC)分析の曲線下面積(AUC)は,すべてのデータセットで1,3-,および5年OSの予測において良好な性能を示した。臨床因子を統合した多変量解析は,リスクスコアがOSに対する独立した予測因子であることを示した(確認セット1:p=0.001,検証セット2:p=0.004)。次に,リスクグループとPPI分析の間の265のDEGを同定し,中枢神経系と胚発生に高度に関連するモジュールを予測した。リスクスコアは,グループ4の髄芽細胞腫において,プログラムされた死亡-リガンド1(PD-L1)発現(p<0.001)ならびに免疫スコア(p=0.035),間質スコア(p=0.010)および腫瘍純度(p=0.010)と有意に相関していた。13-遺伝子シグネチャとSonic hedge and 4 medull芽細胞腫におけるTIIC間の相関を明らかにした。結論:この研究は,髄芽腫患者の予後を推定する頑健な13遺伝子シグネチャモデルを作成し,検証した。また,著者らは,将来の調査のための候補標的を提供するかもしれない,髄芽細胞腫の発症と予後に関連するかもしれない遺伝子と経路を明らかにした。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アルゴリズム ,  多変量解析 ,  ネットワーク ,  *遺伝子 ,  間質組織 ,  死 ,  腫瘍 ,  胚発生 ,  *予後 ,  ロバスト性 ,  遺伝子発現 ,  腫瘍浸潤 ,  *髄芽腫
準シソーラス用語： *予後予測 ,  差次的遺伝子発現 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 髄芽腫 ,  遺伝子署名 ,  予後 ,  リスクスコアモデル ,  LASSO

分類 (2件)： 腫ようの化学・生化学・病理学  (GE02030N) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (131件)：

• Alikhani N., Guo L., Yan S., Du H., Pinho C. M., Chen J. X., et al (2011). Decreased proteolytic activity of the mitochondrial amyloid-β degrading enzyme, PreP peptidasome, in Alzheimer’s disease brain mitochondria. J. Alzheimers. Dis. 27 75-87. doi: 10.3233/JAD-2011-101716
• Arai E., Gotoh M., Tian Y., Sakamoto H., Ono M., Matsuda A., et al (2015). Alterations of the spindle checkpoint pathway in clinicopathologically aggressive CpG island methylator phenotype clear cell renal cell carcinomas. Int. J. Cancer 137 2589-2606. doi: 10.1002/ijc.29630
• Bader G. D., Hogue C. W. (2003). An automated method for finding molecular complexes in large protein interaction networks. BMC Bioinformatics 13:2. doi: 10.1186/1471-2105-4-2
• Bar E. E., Chaudhry A., Farah M. H., Eberhart C. G. (2007). Hedgehog signaling promotes medulloblastoma survival via Bc/II. Am. J. Pathol. 170 347-355. doi: 10.2353/ajpath.2007.060066
• Bhowal A., Majumder S., Ghosh S., Basu S., Sen D., Roychowdhury S., et al (2017). Pathway-based expression profiling of benign prostatic hyperplasia and prostate cancer delineates an immunophilin molecule associated with cancer progression. Sci. Rep. 7:9763. doi: 10.1038/s41598-017-10068-9

タイトルに関連する用語 (6件)： 髄芽腫 ,  予後予測 ,  遺伝子 ,  シグネチャ ,  構築 ,  検証