文献

J-GLOBAL ID：202002265179285905   整理番号：20A0973496

牛肉における肉質と関連したEqtlsおよびSQTLsの同定【JST・京大機械翻訳】

Identification of eQTLs and sQTLs associated with meat quality in beef

著者 (3件)： Leal-Gutierrez Joel D. (Department of Animal Sciences, University of Florida, Gainesville, USA) ,  Elzo Mauricio A. (Department of Animal Sciences, University of Florida, Gainesville, USA) ,  Mateescu Raluca G. (Department of Animal Sciences, University of Florida, Gainesville, USA)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 21  号： 1  ページ： 1-15  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 転写は実質的な遺伝的制御を有し,遺伝子発現の遺伝的解離はウシにおける肉質のような複雑な表現型の遺伝的構造を理解する助けとなる可能性がある。本研究の目的は以下の通りである。1)背最長筋における肉質形質のeQTLとsQTLマッピング分析を行う。2)発現が局所的または遠い遺伝的変異によって影響される遺伝子を発見すること;3)発現とスプライシングホットスポットを同定する;そして,4)多重遺伝子の発現に影響するゲノム領域をカバーすること。80の去勢牛を表現型,遺伝子型決定およびRNA-seq評価のために選択した。肉質に関連する特性のパネルを背最長筋で記録した。112,042SNPに関する情報と8588の常染色体遺伝子に関する発現データと8467の遺伝子からの87770のエキソンは,発現とスプライシング定量的形質遺伝子座(QTL)マッピング(それぞれeQTLとsQTL)に含まれた。この集団において以前に実施された遺伝子,エキソン及びイソ型差次的発現分析は,食肉品質形質に関連する変動性の一部を説明するように,DEGと呼ばれる1352の遺伝子を同定した。eQTLとsQTLマッピングをRパッケージマトリックスeQTLにおける線形回帰モデルを用いて行った。遺伝子型と出生の年は固定効果として含まれ,集団構造は遺伝子型データに関するPCA分析から最初のPCを共変量として含むことによって説明された。同定されたQTLは,関連SNPと分析された遺伝子の間の最大距離として1Mbを用いてcisまたはtransと分類された。75.6%のトランス,10.4%のシス,12.5%のDEGトランスおよび1.5%のDEGシスを含む合計8377eQTLが同定された。一方,11,929sQTLは,66.1%のトランス,16.9%のDEGトランス,14%のシスおよび3%のDEGシスであった。27の発現マスター調節因子および13のスプライシングマスター調節因子を同定し,膜関連または細胞骨格蛋白質,転写因子またはDNAメチラーゼと分類した。これらの遺伝子は,細胞シグナル伝達または直接転写活性化/抑制機構により他の遺伝子の発現を制御することができた。本解析において,eQTL及びsQTLマッピングは遺伝子及びイソ型発現調節因子の位置同定を可能にすることを示した。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝 ,  遺伝子 ,  遺伝子型 ,  *牛肉 ,  表現型 ,  遺伝的調節 ,  背最長筋 ,  常染色体 ,  遺伝子発現 ,  転写因子 ,  量的形質遺伝子座
準シソーラス用語： 調節因子 ,  *肉質 ,  Rパッケージ ,  RNA-seq , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： シス効果 ,  特異的発現遺伝子 ,  発現マスターレギュレータ ,  肉質 ,  スプライシングマスターレギュレータとトランス効果

分類 (3件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  遺伝的変異  (EC01030Y) ,  牛  (FD02020Y)

引用文献 (71件)：

• PLoS Genetics; Mediation Analysis Demonstrates That Trans-eQTLs Are Often Explained by Cis-Mediation: A Genome-Wide Analysis among 1,800 South Asians; Brandon L. Pierce, Lin Tong, Lin S. Chen, Ronald Rahaman, Maria Argos, Farzana Jasmine, Shantanu Roy, Rachelle Paul-Brutus, Harm-Jan Westra, Lude Franke, Tonu Esko, Rakibuz Zaman, Tariqul Islam, Mahfuzar Rahman, John A. Baron, Muhammad G. Kibriya, Habibul Ahsan; 10; 12; 2014; e1004818; 10.1371/journal.pgen.1004818; citation_id=CR1
• Nat Genet; Population genomics of human gene expression; BE Stranger, AC Nica, MS Forrest, A Dimas, CP Bird, C Beazley; 39; 2007; 1217-1224; 10.1038/ng2142; citation_id=CR2
• Mol Plant; Distant eQTLs and non-coding sequences play critical roles in regulating gene expression and quantitative trait variation in maize; H Liu, X Luo, L Niu, Y Xiao, L Chen, J Liu; 10; 2017; 414-426; 10.1016/j.molp.2016.06.016; citation_id=CR3
• Using RNAseq data to improve genomic selection in dairy cattle; Proceedings of the World Congress on genetics applied to livestock production; 2018; CR4; T Lopdell, K Tiplady, citation_author=M Littlejohn
• Front Plant Sci; Genome-wide identification of splicing quantitative trait loci (sQTLs) in diverse ecotypes of Arabidopsis thaliana; W Khokhar, MA Hassan, ASN Reddy, S Chaudhary, I Jabre, LJ Byrne; 10; 2019; 1-13; 10.3389/fpls.2019.01160; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (3件)： 牛肉 ,  肉質 ,  同定